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单体型组装问题MEC/GI模型的参数化算法
  • ISSN号:1002-0470
  • 期刊名称:高技术通讯
  • 时间:0
  • 页码:422-428
  • 语言:中文
  • 分类:TP301.6[自动化与计算机技术—计算机系统结构;自动化与计算机技术—计算机科学与技术] TU723.1[建筑科学—建筑技术科学]
  • 作者机构:[1]中南大学信息科学与工程学院,长沙410083, [2]湖南师范大学物理与信息科学学院,长沙410081
  • 相关基金:国家自然科学基金(60433020),新世纪优秀人才支持计划(NCET-05-0683),教育部创新团队(IRT0661)和湖南省教育厅资助科研(06C526)资助项目.
  • 相关项目:生物信息学中的相关组合理论和算法研究
中文摘要:

根据DNA测序片段数据的特点,提出了一个时间复杂度为0(nk2^2k2+mlogm+mk1)的单体型组装问题MEC/GI模型的参数化算法,其中m为片段数,n为单体型的SNP位点数,k1为一个片段覆盖的最大SNP位点数(通常小于10),k2为覆盖同一SNP位点的片段的最大数(通常不大于10)。对于实际DNA测序中的片段数据,即使m和n都相当大,该算法也可以在较短的时间得到MEC/GI模型的精确解,具有良好的可扩展性和较高的实用价值。

英文摘要:

Based on the characters of DNA fragments, the paper introduces a parameterized algorithm for the minimum error correction with genotype information (MEC/GI) model of the haplotype assembly problem. Its time complexity is O( nk22^k2 + mlogm + mk1), where m is the number of fragments, n is the number of SNP sites, k1 is the maximum number of SNP sites that a fragment covers (usually less than 10), and k2 is the maximum number of the fragments covering a SNP site (usually not greater than 10). For the practical fragment data, the algorithm can solve the MEC/GI problem efficiently even if m and n are rather great, and it is scalable and applicable in practice.

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期刊信息
  • 《高技术通讯》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中华人民共和国科学科技部
  • 主办单位:中国科学技术信息研究所
  • 主编:赵志耘
  • 地址:北京市三里河路54号
  • 邮编:100045
  • 邮箱:hitech@istic.ac.cn
  • 电话:010-68514060 68598272
  • 国际标准刊号:ISSN:1002-0470
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2770/N
  • 邮发代号:82-516
  • 获奖情况:
  • 《中国科学引文数据》刊源,《中国科技论文统计与分析》刊源
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘
  • 被引量:12178