当代中国生态治理空前力度与生态治理屡屡失灵的认识论和方法论根源在于整体性思维缺失。生态治理中的整体性思维是对自然、社会和人作为客观而具有内在有机联系的整体性存在状况的如实反映而形成的符合生态治理规律从而有助于推进生态治理现代化的一种辩证系统思维。要充分认识整体性思维对生态治理现代化的重大价值,反思并矫正部落式、碎片化、表象化、伪生态化、短期化的传统生态治理模式偏颇,遵循自然生态有机联系和相互作用变化发展的规律、自然生态与社会生态交织互动的规律、区域生态合作共治的规律、环境战略评价引领生态空间优化的规律、生态制度约束与生态文化培育相互促进的规律,全面提升生态治理按生态客观规律推进的现代化水平。