发育、细胞生长、分化和癌变等过程与全基因组表达的选择性激活和时空调节密切相关,因此这些过程中基因表达模式的改变已成为当今生物学研究的热点之一。但是高等生物作为高度分化的系统,其差异基因表达分析往往需要大量纯化的同质细胞。尽管原位杂交/PCR能检测到未纯化细胞中的RNA或蛋白,但前提是目的细胞能通过可见的或位置标记加以确认,并且每次只能检测单个已知基因,从而限制了这些技术的应用范围。