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中华白海豚SRAP分子标记多态性的初步研究
  • ISSN号:2095-4972
  • 期刊名称:《应用海洋学学报》
  • 时间:0
  • 分类:P735[天文地球—海洋生物学;天文地球—海洋科学]
  • 作者机构:[1]国家海洋局第三海洋研究所,福建厦门361005, [2]山东大学威海分校海洋学院,山东威海264209
  • 相关基金:国家海洋局第三海洋研究所基本科研业务费专项资金资助项目(2010005,2011007); 国家海洋公益性行业科研专项经费资助项目(201105011)
中文摘要:

首次将SRAP(sequence-related amplified polymorphism)方法引入中华白海豚(Sousa chinensis)多态性研究中,利用高分辨率的毛细管凝胶电泳分析了模板DNA、Mg2+、dNTP、引物、Taq DNA聚合酶等因素对SRAP-PCR扩增结果的影响.确定了me1-em5为扩增中华白海豚基因组DNA的最佳引物对.并进一步确立了适合中华白海豚的SRAP最佳反应体系:25 mm3体系中,模板DNA浓度为0.8 ng/mm3,Mg2+浓度为1.0 mmol/dm3,dNTP浓度为0.1 mmol/dm3,引物浓度为0.2μmol/dm3,Taq DNA聚合酶浓度为0.04 U/mm3.利用该反应体系对10个白海豚样品进行SRAP分析的结果表明,不同样品间DNA谱带清晰、多态性丰富.证实该体系稳定可靠,可以用于中华白海豚的分子标记研究.

英文摘要:

Sequence related amplified polymorphism(SRAP) is a new molecular marker system based on PCR,with the advantages of simplicity,stability,high reproducibility and high co-dominance.In this paper,SRAP is first used to study the genetic diversity of Chinese white dolphin(Sousa chinensis).All factors,including template DNA,Mg2+,dNTP,primer pairs,and Taq DNA polymerase,which affect the SRAP-PCR reactions,are optimized using the capillary electrophoresis.Our results reveal that the best SRAP primer set for Chinese white dolphin genomic DNA is me1(5'-TGAGTCCAAACCGGATA-3') and em5(5'-GACTGCGTACGAATTAAC-3').And the optimal reaction system is template DNA 0.8 ng/mm3,Mg2+ 1.0 mmol/dm3,dNTP 0.1 mmol/dm3,primer 0.2 μmol/dm3,Taq DNA polymerase 0.04 U/mm3 in a 25 mm3 reaction.Then,we evaluate this SARP system using 10 samples from different Chinese white dolphin.Results show that polymorphism among samples are abundant and clear,which indicate that this system can be used as a suitable and reliable method for the molecular marker research of Chinese white dolphin.

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期刊信息
  • 《应用海洋学学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:国家海洋局
  • 主办单位:国家海洋局第三海洋研究所 中国海洋学会 福建省海洋学会
  • 主编:余兴光
  • 地址:福建省厦门市大学路178号
  • 邮编:361005
  • 邮箱:yyhyxxb@163.com
  • 电话:0592-2195251
  • 国际标准刊号:ISSN:2095-4972
  • 国内统一刊号:ISSN:35-1319/P
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 全国优秀科技期刊三等奖,福建省优秀科技期刊三等奖,福建省科协优秀科技期刊二等奖,国家海洋局优秀科技期刊三等奖,以及国家海洋局第三海洋研究所科技进步二等奖和三...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2014版)
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