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肿瘤相关蛋白EIF4G1亚型的B细胞表位预测
  • ISSN号:0258-879X
  • 期刊名称:《第二军医大学学报》
  • 时间:0
  • 分类:R730.4[医药卫生—肿瘤;医药卫生—临床医学]
  • 作者机构:[1]上海市宝山区中心医院外科,上海201900, [2]第二军医大学基础部流行病学教研室,上海200433
  • 相关基金:国家自然科学基金(30872562); 上海市教育委员会科研创新项目(08ZZ39)~~
中文摘要:

目的预测肿瘤相关蛋白EIF4G1亚型的B细胞表位。方法下载EIF4G1蛋白各种亚型的氨基酸序列,以单参数(亲水性、可及性、柔韧性、抗原性)预测为基础,结合ABCpred和二级结构预测筛选等方法综合筛选EIF4G1蛋白质亚型特异性的B细胞表位。结果目前已知EIF4G1蛋白的亚型有5种,亚型间的氨基酸变化局限在一个由300个氨基酸形成的序列区域,亚型特异性的B细胞表位可能位于该区域的14~19、21~27、52~61、106~112、113~139、183~189、201~216和217~224位氨基酸残基区域内或附近。结论 EIF4G1蛋白质亚型间存在特异性B细胞表位,这些表位对应用合成肽抗原检测蛋白质亚型和进行肿瘤患者的早期诊断具有重要指导意义。

英文摘要:

Objective To predict the B cell epitopes of tumor-associated protein EIF4G1 subtypes.Methods The sequences of all the protein subtypes of EIF4G1 were retrieved from NCBI protein database.Based on single parameter evaluation,including hydrophilicity,flexility,antigenicity,the B cell epitopes of the EIF4G1 protein subtypes were predicted using NPS@ structure software and ABCpred software.Results EIF4G1 protein had five subtypes.The variation of the five different EIF4G1 subtypes was limited within a 300aa region.We identified eight epitopes locating in or near 14-19,21-27,52-61,106-112,113-139,183-189,201-216,and 217-224,which can be used to identify specific B cell epitopes of different protein subtypes.Conclusion B cell epitopes of EIF4G1 protein subtypes do exist,and they may be used for the protein subtypes evaluation and early diagnosis of tumor patients using artificially-produced matched peptides.

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期刊信息
  • 《第二军医大学学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:第二军医大学
  • 主办单位:第二军医大学
  • 主编:吴孟超
  • 地址:上海市翔殷路800号
  • 邮编:200433
  • 邮箱:bxue@smmu.edu.cn
  • 电话:021-81870791
  • 国际标准刊号:ISSN:0258-879X
  • 国内统一刊号:ISSN:31-1001/R
  • 邮发代号:4-373
  • 获奖情况:
  • 2008年被评为首批"中国精品科技期刊"2008年获第二...,2004年获第四届全军医学期刊质量评比优秀奖,2002年获第二届国家期刊奖百种重点期刊奖,2000年获首届《CAJ-CD规范》执行评优活动执行优秀奖,1999年获上海高校优秀自然科学学报评比一等奖,1999年获全国高校自然科学学报及教育部优秀科技期...,1997年获上海科技期刊评比二等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,荷兰医学文摘,美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:30859