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计算受体和配体结合自由能的新方法
  • ISSN号:1000-9035
  • 期刊名称:分子科学学报
  • 时间:0
  • 页码:303-306
  • 语言:中文
  • 分类:O641[理学—物理化学;理学—化学]
  • 作者机构:[1]辽宁师范大学化学化工学院,辽宁大连116029
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(20633050,20873055,20703022).
  • 相关项目:生物分子水溶液体系中非共价相互作用的理论研究-探讨其分子识别机理及质子和能量传递过程
作者: 于玲|杨忠志|
中文摘要:

利用ABEEMσπ浮动电荷力场与连续介质模型相结合的方法,计算了受体和配体的结合自由能.将结合自由能分解为真空中的力场作用项、溶剂化能量以及熵效应.由于ABEEMσπ/MM方法充分考虑了外界环境发生变化引起的体系中各个位点之间的电荷极化,因而极大地提高了结合自由能的计算精度.利用该方法计算的2个复合物的结合自由能与实验值的偏差均小于0.5kJ/mol.

英文摘要:

Atom-bond electronegativity equalization method fused into molecular mechanics (ABEEMσπ/MM) as a fluctuating charge (FQ) force field, was combined with the Generalized Born Solvent Accessible surface area (GB/ SA) to calculate the binding free energy of receptor and ligand. The binding free energy is divided into molecular mechanical energy (involving intemal energy, van der Waals energy, and Columbic energy), solvation energy and entropic effect. Because the charges on atomic, bond and lone pair's sites are variable in response to the environment, the binding free energies were well reproduced by the present method compared to the experimental values errors being within 0.5 kJ/mol.

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  • 《分子科学学报:中英文版》
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  • 中文化学类核心期刊、 "《CAJ-CD规范》执行优秀期...
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  • 美国化学文摘(网络版),中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
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