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陆地棉微管结合蛋白CLASP家族基因的鉴定及表达分析
  • ISSN号:0496-3490
  • 期刊名称:《作物学报》
  • 时间:0
  • 分类:S562[农业科学—作物学]
  • 作者机构:石河子大学农学院/新疆生产建设兵团绿洲生态农业重点实验室,新疆石河子832003
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(U1128301); 新疆生产建设兵团博士资金专项(2013BB003); 石河子大学高层次人才启动项目(RCZX201218)资助~~
中文摘要:

CLASP蛋白(CLIP-associated protein,CLASP)是一种调节微管结构与功能的微管结合蛋白,在植物生长发育及形态建成过程中起着至关重要的作用。本研究利用生物信息学的方法,在陆地棉基因组数据库中鉴定出6个编码CLASP蛋白的基因。多重序列比对及系统进化树分析表明,陆地棉CLASPs可分为2个亚家族(I和II),亚家族I含有HEAT重复结构域和典型的CLASP-N端结构域,亚家族II只含有CLASP-N端结构域。实时荧光定量PCR结果表明,6个CLASPs基因在棉花各组织中均有表达,但表达模式各不相同,其中CotAD_63740(Gen Bank登录号为KX881965)和CotAD_04861(Gen Bank登录号为KX881961)在纤维中优势表达,CotAD_48232(Gen Bank登录号为KX881962)、CotAD_48665(Gen Bank登录号为KX881963)、CotAD_55570(Gen Bank登录号为KX881964)和CotAD_68468(Gen Bank登录号为KX881966)在茎中优势表达,表达模式的不同表明CLASPs在棉花不同组织中功能不同。本研究为深入研究棉花CLASPs的功能奠定了基础。

英文摘要:

CLIP-Associated Proteins(CLASPs) are microtubule associated proteins(MAPS) which are regulators of microtubule structure and function,and play a key role in plant growth and morphogenesis.In this study,six CLASPs genes were preliminarily identified in Gossypium hirsutum L.by bioinformatics.Based on multiple sequence alignment and phylogenetic tree analysis,we divided the six CLASPs proteins into I and II subfamilies.The subfamily I has HEAT domain and CLASP-N structure;and the subfamily II only has CLASP-N structure.Real-time quantitative reverse transcription PCR(q RT-PCR) revealed that Gh CLASPs genes expressed in root,stem,leaf,petal and fiber at different developmental periods,and there existed different expression patterns.CotAD_63740(Gen Bank accession No.KX881965) and CotAD_04861(Gen Bank accession No.KX881961) were preferentially expressed in fiber;CotAD_48232(Gen Bank accession No.KX881962),CotAD_48665(Gen Bank accession No.KX881963),CotAD_55570(Gen Bank accession No.KX881964),and CotAD_68468(Gen Bank accession No.KX881966) were preferentially expressed in stem.Different expression patterns suggest that they may play different roles during cotton development.The results will be helpful for the further analysis of CLASPs proteins in cotton.

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期刊信息
  • 《作物学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国作物学会 中国农业科学院作物科学研究所
  • 主编:万建民
  • 地址:北京海淀区中关村南大街12号中国农业科学院
  • 邮编:100081
  • 邮箱:zwxb301@caas.cn
  • 电话:010-82108548
  • 国际标准刊号:ISSN:0496-3490
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1809/S
  • 邮发代号:82-336
  • 获奖情况:
  • 2002年-第三届中国科协优秀科技期刊二等奖,2002-2009年-百种中国杰出学术期刊,2004年获“全国优秀期刊一等奖”,2005年获第三届国家期刊奖提名奖,2009年评为“2008年度中国精品科技期刊”,2009年被评为“新中国60年有影响力的期刊”,2011年获"第二届中国出版政府奖期刊奖提名奖"
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国食品科技文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:49369