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特殊氢方法预测丙氨酸-α-四肽构象稳定性
  • ISSN号:0567-7351
  • 期刊名称:《化学学报》
  • 时间:0
  • 分类:O634.41[理学—高分子化学;理学—化学] O562.1[理学—原子与分子物理;理学—物理]
  • 作者机构:[1]辽宁师范大学化学化工学院,大连116029
  • 相关基金:国家自然科学基金(No.20173025)和辽宁省教育厅基金(No.2004C019)资助项目.
中文摘要:

使用B3LYP/6-31G*方法优化得到了丙氨酸-α-四肽分子的48个稳定构象.定义了丙氨酸-α-多肽中的特殊氢原子,对构象中与特殊氢原子有关的主要非键相互作用进行分析,提出了使用与特殊氢原子有关的非键相互作用来预测多肽构象的相对稳定性,并将之称为特殊氢方法.基于丙氨酸-α-二肽分子的5个构象和三肽分子的7个构象,确定了特殊氢方法中的与特殊氢原子有关的非键相互作用参数.利用特殊氢方法预测丙氨酸-α-四肽分子的48个构象的相对稳定性,与B3LYP/6-31G*方法的相对能量比较,得到了满意的结果.特殊氢方法得到的相对能量(功和B3LYP/6-31G*方法得到的相对能量(X)的线性相关方程为Y=0.9296X+2.2041,相关系数R=0.9532,标准偏差为3.0kJ/mol,偏差绝对值≤4.18kJ/mol的构象占87.5%.

英文摘要:

Total 48 conformers of alanine-α-tetrapeptide molecule were completely optimized at B3LYP/6-31G* level of theory. The special hydrogen atom was defined in this paper and the special hydrogen method was then proposed to predict the conformer relative stability of the alanine-α-polypeptide. The parameters of the seven-membered ring H…O interaction, the five-membered ring H…O interaction and the interaction between two special hydrogen atoms were determined from five conformers of alanine-α-dipeptide. The parameters of the ten-membered ring H…O interaction and the four-membered ring H…O interaction were determined from seven conformers of alanine-α-tripeptide. The relative energies of the 48 conformers of the alanine-α-tetrapeptide molecule were then calculated by the special hydrogen method and by B3LYP/6-31G* method, respectively. Compared with the relative energies of the alanine-α-tetrapeptide conformers obtained by B3LYP/6-31G* method, it can be concluded that the special hydrogen method is quite reasonable for prediction of the conformation stability of alanine-α-polypeptides. The linear correlation equation between the relative energies Y (kJ/mol) obtained by the special hydrogen method and the relative energies X (kJ/mol) by the B3LYP/6-31G* is Y=0.9296X+2.2041 with the correlation coefficient R= 0.9532 and the standard deviation of 3.0 kJ/mol. The population of the conformations with deviation smaller than 4.18 kJ/mol was up to 87.5%.

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期刊信息
  • 《化学学报》
  • 北大核心期刊(2014版)
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国化学会 中国科学院上海有机化学研究所
  • 主编:周其林
  • 地址:上海市零陵路345号
  • 邮编:200032
  • 邮箱:hxxb@sioc.ac.cn
  • 电话:021-54925085
  • 国际标准刊号:ISSN:0567-7351
  • 国内统一刊号:ISSN:31-1320/O6
  • 邮发代号:4-209
  • 获奖情况:
  • 首届国家期刊奖,第二届国家期刊奖提名奖,中国期刊方阵“双高期刊”
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国科学引文索引(扩展库),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:28694