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基于PCR-LDR平台的近交系小鼠遗传质量快速检测方法
  • ISSN号:1005-4847
  • 期刊名称:中国实验动物学报
  • 时间:2012
  • 页码:1-8
  • 分类:Q95-33[生物学—动物学]
  • 作者机构:[1]东华大学生物科学与技术研究所,上海201620, [2]中国科学院上海生命科学研究院,上海200031, [3]上海实验动物研究中心,上海201203
  • 相关基金:国家自然科学基金(编号:31171199),上海市创新行动实验动物研究项目(编号:10140900903).
  • 相关项目:利用野生小家鼠来源1号染色体替换群体快速精细定位血脂调控基因
中文摘要:

目的建立基于PCR-LDR平台的近交系小鼠SNP快速分型方法,用于检测实验小鼠的遗传质量与品系纯度。方法利用可移植性极高的PCR-LDR技术,以常见近交系小鼠为研究对象,选取了21条染色体上的45个SNP位点,分别设计引物和探针,经过筛选和验证,建立了多重PCR-LDR(polymerase chain reaction and ligase detection reaction,PCR-LDR)分型方案。结果四组多重PCR-LDR可实现45个SNP位点的基因分型,其中43个、44个与45个SNP在样本中的检出率分别为100%、90.9%与36.4%。所有样本经分型确定为纯合体,并得到了常见近交系小鼠SNP位点信息。结论实现了常见近交系小鼠快速、高通量的基因分型,可用于遗传质量检测和品系鉴定。

英文摘要:

Objrctive Purity of laboratory animals plays a critical role affecting the experimental results. The aim of this study was to validate a high-throughput genotyping platform, valuable in inbred mouse genetic DNA monitoring and strain identification. Methods Multiple polymerase chain reaction and ligase detection reaction (PCR-LDR) genotyping panels were constructed. Forty-five single-nueleotide polymorphism (SNP) on 21 chromosomes were selected as targets, as well as specific primers and probes to these SNP were designed, respectively. A multiple PCR-LDR genotyping protocol was established. Results Forty-five SNP were successfully genotyped in four panels. The positive detection rate of 43, 44 and 45 SNPs were 100% , 90.9% and 36.4% , respectively. All samples collected were homozygous and their genotypes were identified by PCR-LDR. Conclusion The results of this study provide a rapid and high-throughput genotyping approach, which is sufficient for genetic contamination monitoring and strain identification.

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期刊信息
  • 《中国实验动物学报》
  • 北大核心期刊(2014版)
  • 主管单位:中国科协技术协会
  • 主办单位:中国实验动物学会 中国医学科学院医学实验动物研究所
  • 主编:秦川
  • 地址:北京市朝阳区潘家园南里5号
  • 邮编:100021
  • 邮箱:b6771337@126.com
  • 电话:010-67779337
  • 国际标准刊号:ISSN:1005-4847
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2986/Q
  • 邮发代号:2-748
  • 获奖情况:
  • 中国科技论文统计源期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:6376