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基于剪接信号和调节元件序列特征的剪接位点预测方法
  • ISSN号：0023-074X
  • 期刊名称：《科学通报》
  • 时间：0
  • 分类：Q522.2[生物学—生物化学] O441[理学—电磁学;理学—物理]
  • 作者机构：[1]北京大学工学院湍流与复杂系统国家重点实验室生物医学工程系理论生物学中心,北京100871:, [2]中国航天员科研训练中心,北京100094, [3]Finnish Genome Center,University of Helsinki,Helsinki 00290,Finland
  • 相关基金：基金项目：国家重点基础研究发展计划（编号：2003CB715905）、国家自然科学基金（批准号：30300071,30770499,10721403）及北京大学工学院青年人才基金资助项目.
作者： 孙宗晓[1,2], 桑凌洁[1], 居理宁[1], 朱怀球[1,3]
关键词： 基因预测, 剪接位点, 剪接信号, 调节元件
中文摘要：

结合剪接相关的剪接信号和调节元件的序列特征信息，发展高效的剪接位点预测方法，是真核生物基因预测中一个新课题。运用熵密度分布（EDP）距离方法、权重数组法（WAM）、κ检验等算法建立了剪接位点相关的剪接信号的统计模型，同时基于无监督自学习的基序检测方法建立了调节元件的统计模型，在此基础上设计了基于多层次支持向量机（SVM）的剪接位点预测新算法，实现了真核基因剪接位点的从头（ab initio）预测。对人类基因组剪接位点数据的大规模测试结果表明，本研究提出的方法能够有效地预测人类基因组中的剪接位点，预测水平不仅全面高于传统的基于剪接信号的预测方法GeneSplicer，而且在总体预测精度上达到并大部分超过基于调节元件信号的预测方法SpficeScan。对于低GC含量的基因序列，本文方法的预测精度明显地高于其他两种方法。

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期刊信息
  • 《科学通报》
  • 北大核心期刊（2011版）
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院
  • 主编：周光召
  • 地址：北京东黄城根北街16号
  • 邮编：100717
  • 邮箱：csb@scichina.org
  • 电话：010-64036120 64012686
  • 国际标准刊号：ISSN：0023-074X
  • 国内统一刊号：ISSN：11-1784/N
  • 邮发代号:80-213
  • 获奖情况:
  • 首届国家期刊奖,中国期刊方阵“双高”期刊,第三届中国出版政府奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘（网络版）,美国数学评论（网络版）,美国工程索引,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊（2004版）,中国北大核心期刊（2008版）,中国北大核心期刊（2011版）,中国北大核心期刊（2014版）,中国北大核心期刊（2000版）
  • 被引量:81792