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生物素标记探针-液相杂交-非变性PAGE检测非编码小RNA方法的建立和优化
  • ISSN号:1673-4130
  • 期刊名称:国际检验医学杂志
  • 时间:2012.3
  • 页码:645-647
  • 分类:R730.4[医药卫生—肿瘤;医药卫生—临床医学]
  • 作者机构:[1]上海交通大学医学院附属第三人民医院实验中心,上海201900, [2]浙江省医学遗传学重点实验室/检验医学省部共建教育部重点实验室/温州医学院检验医学院与生命科学学院,浙江温州325035
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(81172322); 上海市自然科学基金资助项目(11ZR1421000); 上海交通大学医学院科技基金资助项目(YZ1027)
  • 相关项目:SUMO修饰hnRNP K蛋白在胃癌发生发展中的作用与分子机制
中文摘要:

目的建立生物素标记探针-液相杂交-非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)检测非编码小RNA(sRNA)的方法。方法将生物素标记的sRNAU6寡核苷酸探针经非变性PAGE电泳后转印至尼龙膜上,然后用辣根过氧化物酶(HRP)耦联链霉亲和素进行检测。从细胞中提取总RNA,用已标记U6探针优化液相杂交退火条件及杂交缓冲液;用建立的方法检测并计算BEAS-2B、A549细胞中sRNAU6与miRNA145的含量。结果将Biotin-11-dUTP成功标记至寡核苷酸上,随着寡核苷酸浓度增加,检测信号强度越强,10μmol/L时达到最强。采用水浴反应条件与采用聚合酶链反应(PCR)仪梯次降温反应条件下得到的杂化链无明显差异;以磷酸盐缓冲液作为杂交缓冲液优于Tris-HCl、DEPC水;BEAS-2B、A549细胞5μgRNA中U6含量接近;BEAS-2B细胞中miRNA145绝对含量高于A549细胞。结论成功建立并优化了sRNA检测新方法 ,为简单、易行、可靠地检测sRNA提供了可能。

英文摘要:

Objective To develop a method for detecting non-coding small RNA(sRNA) by biotin-labeled probe-liquid hybridization-non-denaturing polyacrylamide gel electrophoresis(PAGE).Methods The biotinylated oligonucleotides of sRNA U6 were treated by non-denaturing PAGE,transferring to nylon membrane,and then were detected by horseradish peroxidase(HRP)-conjugated streptavidin-biotin.U6 and miRNA-145 contents in BEAS-2B and A549 cells were detected and calculated through the established method.Results The U6 oligonucleotides were successfully labeled with bio-11-dUTP,which had the strongest signal at concentration of 10 μmol/L.There was no significant difference of hybrid chains,acquired by water bath or polymerase chain reaction(PCR) instrument.According to liquid hybridization solution,phosphate buffer was superior to Tris-HCl and DEPC water.U6 content in BEAS-2B cells was almost equivalent to the content in A549,while the abundance of miRNA-145 in BEAS-2B was higher than that in A549.Conclusion A new method for detecting sRNA was successfully established and optimized,which could offer possibility for simple and reliable detection of sRNA.

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期刊信息
  • 《国际检验医学杂志》
  • 主管单位:重庆市卫生和计划生育委员会
  • 主办单位:重庆市卫生信息中心
  • 主编:府伟灵
  • 地址:重庆市渝中区宝环路420路
  • 邮编:401120
  • 邮箱:gwyxwd@163.com
  • 电话:023-63616134
  • 国际标准刊号:ISSN:1673-4130
  • 国内统一刊号:ISSN:50-1176/R
  • 邮发代号:78-26
  • 获奖情况:
  • 卫生部首届医药卫生优秀期刊奖三等奖,重庆市一级期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘
  • 被引量:32189