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适用于转录组测序的棉花幼根总RNA提取方法筛选
  • ISSN号:1002-7807
  • 期刊名称:棉花学报
  • 时间:2013
  • 页码:372-376
  • 分类:S562.035[农业科学—作物学]
  • 作者机构:[1]中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室,河南安阳455000
  • 相关基金:国家自然科学基金(31000733); 2013年中央级公益性科研院所基本科研业务专项(SJB1308)
  • 相关项目:利用全基因组关联分析发掘棉花抗黄萎病性状的分子标记
中文摘要:

棉花幼根中含有大量酚类物质、多糖和单宁等多种次生代谢物,且根部取样时会带有少量的泥土和有机质等污染物,因此棉花幼根RNA提取难度较大。本文采用两种试剂盒法和改良的异硫氰酸胍法,筛选适合转录组测序的提取棉花幼根RNA的方法。与试剂盒法相比,改良的异硫氰酸胍法具有浓度高、质量好等特点,能够满足转录组测序的要求。

英文摘要:

It is difficult to obtain high-quality RNA from young cotton roots, because the root tissues contain large amounts of various secondary metabolites, including polyphenolics, polysaccharides, and tannins. Also, soil and other organic contaminants are often mixed with the roots when sampling. In this study, two commercial kits and an improved guanidine thiocyanate method were screened as methods to isolate total RNA from young cotton roots, with the aim of producing RNA of sufficient quality for RNA-sequencing analyses. The results showed that compared with the plant RNAout kits, the improved guanidine thiocyanate method resulted in greater quantities of RNA, and higher RNA quality. The RNA obtained using this method was suitable for RNA-sequencing analyses.

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期刊信息
  • 《棉花学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科协
  • 主办单位:中国农学会
  • 主编:杨子山
  • 地址:河南省安阳市文峰区黄河大道38号中棉所办公区
  • 邮编:455000
  • 邮箱:journal@cricaas.com.cn
  • 电话:0372-2525361/362/369
  • 国际标准刊号:ISSN:1002-7807
  • 国内统一刊号:ISSN:41-1163/S
  • 邮发代号:36-63
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 英国农业与生物科学研究中心文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:9815