大学组织作为一个松散联合的系统,具有不同于其它社会组织的知识品性与文化诉求等异质特征。科层制对权力、理性、行政权威与程序管理的强调与学术自治维护学者探究学问和忠于真理的追求形成冲突。大学学术自治理念下的科层制改造需要建立保障学术组织文化特性的现代大学制度,厘清大学组织中各类事务的性质,协调大学管理中的权力关系,与学习型组织搭建桥梁,注重人性化管理,将组织决策下沉,使组织分工柔性化。