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蛋白质相互作用的网络分析
  • ISSN号：0023-074X
  • 期刊名称：科学通报
  • 时间：0
  • 页码：3795-3803
  • 语言：中文
  • 分类：Q51[生物学—生物化学] TN711.1[电子电信—电路与系统]
  • 作者机构：[1]北京工业大学生命科学与生物工程学院,北京100124
  • 相关基金：国家自然科学基金（批准号：20773006,30670497）和高等学校博士学科点专项科研基金（编号：200800050003）资助项目
  • 相关项目：蛋白质功能位点预测方法的研究
作者： 李春华|陈慰祖|龚新奇|常珊|焦雄|王存新|
关键词： 界面, 特征路径长度, 残基网络, 打分函数
中文摘要：

建立了蛋白质复合物的残基网络,其中蛋白质的残基被视为节点,残基之间的接触视为连接.复合物残基网络可以分成两种类型,即疏水和亲水残基网络.分析网络参量发现,正确结合的复合物比错误结合的结构具有更高的界面度加和值和更低的网络特征路径长度.这些性质反映出正确结合的复合物结构具有更好的几何或残基类型互补,同时正确的结合模式对于保证天然蛋白质复合物的特征路径长度具有重要作用.此外,两个基于网络的打分项被建立,它们能够很好地考虑复合物整体形状和残基类型互补特性.将基于网络的打分项与其他打分项进行组合,提出了一个新的多项打分函数HPNCscore,它能够改进RosettaDock组合打分函数的区分能力超过12%.这些研究将加深我们对蛋白质-蛋白质结合机制的了解.

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期刊信息
  • 《科学通报》
  • 北大核心期刊（2011版）
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院
  • 主编：周光召
  • 地址：北京东黄城根北街16号
  • 邮编：100717
  • 邮箱：csb@scichina.org
  • 电话：010-64036120 64012686
  • 国际标准刊号：ISSN：0023-074X
  • 国内统一刊号：ISSN：11-1784/N
  • 邮发代号:80-213
  • 获奖情况:
  • 首届国家期刊奖,中国期刊方阵“双高”期刊,第三届中国出版政府奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘（网络版）,美国数学评论（网络版）,美国工程索引,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊（2004版）,中国北大核心期刊（2008版）,中国北大核心期刊（2011版）,中国北大核心期刊（2014版）,中国北大核心期刊（2000版）
  • 被引量:81792