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东北野生大豆核心种质单核苷酸多样性分析
  • ISSN号:1000-9841
  • 期刊名称:《大豆科学》
  • 时间:0
  • 分类:S565.1[农业科学—作物学]
  • 作者机构:[1]沈阳农业大学农学院,辽宁沈阳110866, [2]吉林省农业科学院农业生物技术研究所,吉林长春130033, [3]深圳市高级中学,广东深圳518040
  • 相关基金:国家自然科学基金(31300282);吉林省科技厅应用基础项目(20130102050JC);公益性行业(农业)科研专项(201003021).
中文摘要:

对196个东北野生大豆核心种质的NRT2、Asp AT2和CPK13三个基因片段进行单核苷酸扫描,共检测到94个SNPs位点及10个插入/缺失位点(Indel),碱基转换和颠换平均比例约2∶1。稀有SNPs位点(〈10%)39个,比率约为41.5%。196份核心种质平均多态性位点比例约为74%,Shannon's指数是0.366,多样性指数为0.241;不同纬度群体的平均多样性指数随纬度下降逐渐升高,在44°N时达到峰值,然后随纬度降低缓慢下降,多样性指数变化呈近似正态曲线模式。初步推测N 42°~N45°区域为东北野生大豆的多样性中心。

英文摘要:

One hundred and ninety-six wild soybean germplasm were selected from core collection of Northeastern China and the NRT2, AspAT2 and CPK13 gene sequences were used for SNP analysis. We detected 94 SNPs and 10 Indel with average proportion of nucleotide transitions and transversions of about 2: 1. There was 39 rare SNPs( 〈 10% ), with ratio of approxi- mately 41.5%. The average proportion of polymorphic sites for 196 core collection was 74%, Shannon's index of 0. 366 and diversity index was 0. 241. With the decline of latitude, average diversity index of populations of different latitudes was in- creased, reaching peak at 44~N. Changes in diversity index exhibited normal mode curve. It showed that the central diversity of wild soybean in Northeastern China was found at 42°N-45°N.

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期刊信息
  • 《大豆科学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:黑龙江农业科学院
  • 主办单位:黑龙江省农业科学院编辑出版中心
  • 主编:刘忠堂
  • 地址:哈尔滨市南岗区学府路368号
  • 邮编:150086
  • 邮箱:dadoukx@sina.com
  • 电话:0451-86668735
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-9841
  • 国内统一刊号:ISSN:23-1227/S
  • 邮发代号:14-95
  • 获奖情况:
  • 1988年获黑龙江优秀期刊奖,1996年获黑龙江省科技情报二等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:12334