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流感病毒M2质子通道抑制机理的计算化学模拟和理论分析
  • ISSN号:1005-9164
  • 期刊名称:《广西科学》
  • 时间:0
  • 分类:O641.121[理学—物理化学;理学—化学]
  • 作者机构:[1]广西科学院非粮生物质酶解国家重点实验室国家非粮生物质能源工程技术研究中心广西南宁530007, [2]美国戈登生命科学研究所,MA 02478,USA
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(31370716和31360207)资助.
中文摘要:

【背景】A型流感病毒的M2质子通道蛋白的X-ray和NMR结构已于2008年测定,并成为发展抗流感的重要药物靶标,但学术界对于抑制剂的作用机理尚有争论。【方法】用SYBYL软件作M2通道蛋白与金刚烷胺抑制剂的对接计算,在可能的对接位点(Asp-44,Trp-41,His-37)上用精确的量子化学方法计算对接能,并根据结构化学和物理化学的原理分析抑制剂的作用机理。【结果】计算了金刚烷胺与M2质子通道的多个可能的结合位点的结合能,包括His-37,Trp-41和Asp-44。【结论】金刚烷胺对M2的抑制是一个动态过程,可能有多个位点结合。金刚烷胺穿透细胞膜后在通道出口与Asp-44形成盐桥,质子流使盐桥解离,金刚烷胺再进入通道与芳香氨基酸Trp一41(或His一37)形成阳离子一兀键。

英文摘要:

Background]The structure of M2 proton channel in influenza A virus has been solved in 2008 by using X-ray and NMR,which is a drug-target for inhibitor design.Howev-er,so far the inhibition mechanism is not very clear.[Methods]The possible binding sites of amantadine in M2 channel are determined by using docking calculations.Then the binding energies are calculated by using higher level quantum cheical calculations.[Results]The accu-rate binding energies at the sites His-37,Trp-41,and Asp-44 are calculated.[Conclusion]This inhibition of amantadine to M2 channel is a dynamic procedure.After the amantadine pene-trates the cell membrane it binds at the Asp-44 through salt-bridge interaction.The salt-bridge may be broken in the proton flow,then amantadine comes in the channel,and binds at the aromatic amino acid Trp-41 (or His-37)with the cation-πinteraction.

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期刊信息
  • 《广西科学》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:广西科学技术厅
  • 主办单位:广西科学院 广西壮族自治区科学技术协会
  • 主编:罗海鹏
  • 地址:广西南宁市大岭路98号
  • 邮编:530007
  • 邮箱:gxkxbjb@gmail.com
  • 电话:0771-2503923 2503922
  • 国际标准刊号:ISSN:1005-9164
  • 国内统一刊号:ISSN:45-1206/G3
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 中国期刊方阵双效期刊,广西第四届十佳科技期刊,广西第二、三届优秀科技期刊一等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),中国中国科技核心期刊
  • 被引量:4882