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小麦与条锈菌亲和互作的差减文库构建及初步分析
  • ISSN号:0578-1752
  • 期刊名称:《中国农业科学》
  • 时间:0
  • 分类:S512.1[农业科学—作物学] S435.121.4[农业科学—农业昆虫与害虫防治;农业科学—植物保护]
  • 作者机构:[1]西北农林科技大学植物保护学院,陕西杨凌712100, [2]西北农林科技大学陕西省农业分子生物学重点实验室,陕西杨凌712100
  • 相关基金:国家“973”前期专项(2006CB708208);教育部重大科技培育项目(2004-295);教育部长江学者和创新团队发展计划资助项目(IRT0558);高等学校学科创新引智计划资助项目(B07049)
中文摘要:

【目的】构建小麦与条锈菌亲和互作的差减文库,分离条锈菌侵染小麦过程中的差异表达基因。【方法】以小麦品种水源11和条锈菌相应毒性小种CY31号为材料,构建条锈菌侵染阶段的SSH-cDNA文库,挑选250个阳性克隆测序并进行生物信息学分析。【结果】聚类后得到149条非冗余EST(unigene)。经BlastX比对和功能分类分析,其中50条unigene(33.6%)未找到同源性匹配,25条(16.8%)与未知功能蛋白同源性较高;其余74条功能已知的unigene中,与初级代谢、能量相关的基因分别有13条和10个,占8.7%和6.7%,感病及防御相关的基因有6个约占4.0%;此外,获得两个与病原菌有较高同源性的基因。随后,进一步利用RT-PCR对6个基因的表达模式进行了分析。【结论】成功构建了小麦与条锈菌亲和互作的差减文库,分离出一部分与小麦条锈病发病相关的基因,可用于进一步研究条锈菌侵染过程中特异基因的功能。

英文摘要:

[Objective] This study was conducted to isolate differentially expressed genes during the compatible interactions between Puccinia striiformis and wheat. [Method] A SSH-cDNA library was constructed with wheat variety Shuiyuan-11 and a Chinese virulent race CY31 of Puccinia striiformis, 250 positive clones were selected for sequencing. [Result] One hundred and fourty-nine nonredundant ESTs were assembled with CAP3 in total, and then function annotation and classification were performed. There were 50 unigenes (33.6%) without or with weak similarities to the existent proteins in the nr database from NCBI and 25 unigenes (16.8%) significantly matched with hypothetical protein. While the unigenes assigned to primary metabolism, energy and disease/defence accounted for 8.7%, 6.7%, and 4.0%, respectively. Two unigenes, however, had higher similarity with pathogenic protein. Six genes were selected to investigate their expression profiles by reverse transcription PCR (RT-PCR). [Conclusion] This high quality SSH cDNA library can be further used for gene cloning and provide a foundation for further investigation to explore the molecular mechanism of interaction between wheat and stripe rust fungtis.

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期刊信息
  • 《中国农业科学》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国农业部
  • 主办单位:中国农业科学院 中国农学会
  • 主编:万建民
  • 地址:北京中关村南大街12号中国农业科学院图书馆楼4101-4103室
  • 邮编:100081
  • 邮箱:zgnykx@caas.cn
  • 电话:010-82109808 82106279
  • 国际标准刊号:ISSN:0578-1752
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1328/S
  • 邮发代号:2-138
  • 获奖情况:
  • 中国期刊方阵“双高”期刊,第三届中国出版政府奖提名奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国食品科技文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:85620