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鲤EST标记与耐低温性状的相关性分析及定位
  • ISSN号:2095-8137
  • 期刊名称:《动物学研究》
  • 时间:0
  • 分类:Q959.468[生物学—动物学] Q343.1[生物学—遗传学]
  • 作者机构:[1]中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨150070, [2]上海海洋大学水产与生命学院,上海201306
  • 相关基金:国家重点基础研究发展计划“973”(2010CB126305); 农业部水产生物技术重点开放实验室(2009NYBZS-05); 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目(2009HSYZX-SJ-05)
中文摘要:

利用GLM模型对12个表达序列标签(expressed sequence tag,EST)标记的基因型与鲤耐低温性状进行相关性分析,然后使用OneMap软件将这些EST标记进行连锁定位研究,并通过Blast x搜索引擎对这些候选EST进行注释。结果显示,EST标记CC009(P〈0.05)和CC115(P〈0.01)与鲤鱼耐低温性状显著相关;12个EST标记中有8个标记分别连锁定位到6个连锁群中,其中与耐低温相关的CC009和CC115分别定位到鲤连锁图谱的第38号连锁群和第2号连锁群;蛋白质数据库同源性比对发现,CC009与斑马鱼(Danio rerio)尿嘧啶激酶1(uridine-cytidine kinaseI)的同源性高达94%;而CC115为原绿球藻(Prochlorococcus marinus str)的假定糖基转移酶(putative glycosyl transferase)的同源性为56%。

英文摘要:

Expressed sequence tags (ESTs) are parts of complementary DNAs (cDNAs) with certain gene function.It provides us more information than other neutral markers. The association of EST markers with phenotypes can increase our understanding of the biochemical pathways and mechanisms affecting economically important traits. In this study, 12 candidate EST markers isolated from the cold-induced brain cDNA of common carp (Cyprinus carpio L.) were conducted the correlation analysis of marker and cold tolerance trait of common carp using GLM model of SPSS 17.0 software firstly, then tried to locate them in the genetic linkage map using OneMap software. As a result, eight out of 12 candidate EST makers were separately located in six linkage groups, in which marker CC009(P0.05) and CC115 (P0.01) were associated with cold tolerance and mapped to LG38 and LG2, respectivey. Homology identity alignments showed that marker CC009 was highly homologous to the known Uridine-cytidine kinase I of Danio rerio with an identity of 94%, and marker CC115 was lowly homologous to the putative glycosyl transferase of Prochlorococcus marinus with an identity of 56%.

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期刊信息
  • 《动物学研究》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院昆明动物研究所
  • 主编:
  • 地址:昆明市教场东路32号中国科学院昆明动物研究所
  • 邮编:650223
  • 邮箱:zoores@mail.kiz.ac.cn
  • 电话:0871-5199026 5113532
  • 国际标准刊号:ISSN:2095-8137
  • 国内统一刊号:ISSN:53-1229/Q
  • 邮发代号:64-20
  • 获奖情况:
  • 2009年第三届云南省优秀期刊奖,1996年荣获云南省优秀科技期刊二等奖,2000荣获中国科学院优秀期刊三等奖,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国剑桥科学文摘,美国生物科学数据库,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),瑞典开放获取期刊指南,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:10857