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基于复杂网络理论的PPI网络拓扑分析
  • ISSN号:1002-8331
  • 期刊名称:计算机工程与应用
  • 时间:0
  • 页码:20-22
  • 语言:中文
  • 分类:TP393[自动化与计算机技术—计算机应用技术;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]中南大学信息科学与工程学院,长沙410083
  • 相关基金:国家自然科学基金(the National Natural Science Foundation of Chinaunder Grant No.60433020);新世纪优秀人才支持计划(No.NCET-050683);长江学者和创新团队发展计划资助(No.IRT0661).
  • 相关项目:生物信息学中的相关组合理论和算法研究
中文摘要:

蛋白质相互作用在生命活动中起核心作用,由蛋白质相互作用构成的PPI网络的拓扑特性分析是后基因组时代最重要的研究课题之一。应用复杂网络理论对DIP数据库中7个物种的8个PPI网络的拓扑结构进行分析与研究。分析结果表明,这些PPI网络具有较小的平均路径长度和较高的聚集系数,其度分布服从幂规律,即p(k)=ak^-r,其中r大于1小于3,a近似等于1±0.5,表现出典型的无标度性,并具有高的异质性。其中平均度大于3.5的5个PPI网络对随机删除不超过10%的顶点都具有很好的鲁棒性,但对有选择的删除2%的高度顶点就开始表现出极弱的抗攻击性。

英文摘要:

Protein-protein interactions play an important role in life.Analysis of the topology characters of PPI network composed of protein-protein interactions is one of the most important issues in the post-genomic era.This paper analyzes the topologies of 8 PPI networks of 7 species in DIP database by using complex network theory.Analysis shows that these PPI networks have small average path length and large clustering coefficients.The degree distributions of these networks follow a power law as given by p(k)=ak^-4(1〈3,a≈1±0.5).All these PPI networks are scale-free and idiosyncratic.All the PPI networks with average degree larger than 3.5 are robust against the random removal of not more than 10% nodes,but are vulnerable to the removal of 2% nodes of high degree.

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期刊信息
  • 《计算机工程与应用》
  • 北大核心期刊(2014版)
  • 主管单位:中国电子科技集团公司
  • 主办单位:华北计算技术研究所
  • 主编:怀进鹏
  • 地址:北京市海淀区北四环中路211号北京619信箱26分箱
  • 邮编:100083
  • 邮箱:ceaj@vip.163.com
  • 电话:
  • 国际标准刊号:ISSN:1002-8331
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2127/TP
  • 邮发代号:82-605
  • 获奖情况:
  • 1. 2012年首批获得中国学术文献评价中心发布的 “...,2. 2001年获得新闻出版署“中国期刊方阵双效期刊”,3. 2008年首批入选国家科技部“中国精品科技期刊...,4.2003年-2011年连续获得工业和信息化部期刊最高...
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:97887