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基于结构模型的DBP-DNA识别及预测研究综述
  • ISSN号:1000-386X
  • 期刊名称:计算机应用与软件
  • 时间:2011
  • 页码:142-146+151
  • 分类:TP391.4[自动化与计算机技术—计算机应用技术;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]复旦大学计算机科学与技术学院,上海200433, [2]上海市智能信息处理重点实验室,上海200433
  • 相关基金:国家自然科学基金(60673016 10704068); 符号计算与知识工程教育部重点实验室项目(421060071421)
  • 相关项目:集成大规模基因表达和代谢数据对物种调控机制的研究
作者: 陈凌|王飞|
中文摘要:

DNA结合蛋白DBP(DNA Binding Protein)对细胞内遗传物质的生命活动中起着至关重要的作用,包括染色体的复制、剪切及基因表达调控。DBP通过与DNA发生结合反应,行使各种不同的生物功能。因此研究DBP-DNA之间的识别规律,对基因调控分析、蛋白功能预测和转录因子结合位点预测有着十分重要的意义。随着DBP-DNA复合物结构数据库的出现,基于结构信息的计算机分析方法为DBP与DNA之间的相互作用研究提供了新的发展契机。介绍了若干经典的DBP-DNA结构模型,简要评述了DBP-DNA结构分析方法目前的研究现状。

英文摘要:

DNA Binding Protein(DBP) is of critical importance for life activities of intercellular genetic materials,including chromosome's replication,shearing and gene expression regulation.DBP executes different biological functions through generating binding reactions with DNA.Therefore the researches on DBP-DNA's recognition rule have great significance for gene regulation analysis,protein function prediction and transcription factor binding sites prediction.Along with the appearance of DBP-DNA complex structure database,computer analysing method based on structural information has provided a new development prospect on DBP-DNA interaction researches.Here we reviewed a couple of classic DBP-DNA structural models and briefly commented the status quo of present DBP-DNA's structural analysis methods.

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期刊信息
  • 《计算机应用与软件》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:上海科学院
  • 主办单位:上海市计算技术研究所 上海计算机软件技术开发中心
  • 主编:朱三元
  • 地址:上海市愚园路546号
  • 邮编:200040
  • 邮箱:cas@sict.stc.sh.cn
  • 电话:021-62254715 62520070-505
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-386X
  • 国内统一刊号:ISSN:31-1260/TP
  • 邮发代号:4-379
  • 获奖情况:
  • 全国计算机类中文核心期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:27463