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基于microRNA深度测序的猕猴桃性别分化初探
  • ISSN号:0513-353X
  • 期刊名称:《园艺学报》
  • 分类:S663.4[农业科学—果树学;农业科学—园艺学]
  • 作者机构:[1]中国科学院武汉植物园,中国科学院种质创新与特色农业重点实验室,武汉430074, [2]中国科学院大学,北京100049, [3]上饶职业技术学院,江西上饶334109
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(31370251)
中文摘要:

利用新一代高通量测序技术,对猕猴桃雌花和雄花中表达的小RNA进行了测序,分别得到雌花18 408 610条序列和雄花11 191 469条序列。通过生物信息学分析,共鉴定和预测得到39个保守mi RNA家族和400个新的mi RNA家族,其中有170个mi RNA家族在雌、雄花样品间显著差异表达。对差异表达mi RNA进行靶基因的预测及注释,结果显示,靶基因产物具有包含核苷三磷酸水解酶的磷酸环结构域的mi RNA数量最多。在猕猴桃25号连锁群(Chr25)上共预测得到3个mi RNA,其中novel-ach-mi R362的靶基因Achn298021可能与猕猴桃花的性别发育有关。

英文摘要:

The miRNAs in female and male flowers of kiwifruit were sequenced by next-generation sequencing,and received 18 408 610 and 11 191 469 reads,respectively. Using bioinformatics methods,39 conserved and 400 novel mi RNA families including 170 mi RNA families that were differently expressed between the two samples were identified. Targets prediction and annotation of identified mi RNAs revealed the most enrichment of P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase domain in Inter Pro terms. Three mi RNAs were predicted to be located on the kiwifruit sex chromosome(Chr25),among which,target gene Achn298021 of novel-ach-mi R362 was predicted to be related to flower development,and should be drawn special attention in future study.

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期刊信息
  • 《园艺学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科协
  • 主办单位:中国园艺学会
  • 主编:杜永臣
  • 地址:北京市中关村南大街12号
  • 邮编:100081
  • 邮箱:ivfyyxb@mail.caas.net.cn
  • 电话:010-68919523
  • 国际标准刊号:ISSN:0513-353X
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1924/S
  • 邮发代号:82-471
  • 获奖情况:
  • 第一届全国优秀期刊奖,中国科协第三届优秀期刊奖,第二届国家期刊奖提名奖,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:43371