本文提出一种异于目前农业科研投资分配方法的新思路,即按照农业生态区划(AEZ)进行农业科研投资,并从经济效率角度探讨了科研投资的区域配置最优方案,为农业科研投资的分配决策提供参考。利用1990-2005年的省级面板数据,计算了各个区域的科研投资边际收益和构建了数学规划模型,模拟了各个区域的农业科研投资的最优分配方案。研究发现:农业科研投资的边际收益高,但区域差别明显,调整农业科研投资区域分配结构,增加边际收益高的华中区和华北区的科研投资,可以较大幅度地提高农业科研投资收益和有效地促进农业经济增长,平均每1元科研投资的收益比原来增加1~2.5元,促进农业总产值增长约0.1%。