将番茄红果材料‘OH 88119’与棕果材料‘Black Cherry’杂交获得F2分离群体。通过对成熟果实外果皮、中果皮/内果皮和胎座颜色的观察,在不考虑番茄红素颜色的情况下,外果皮和中果皮/内果皮的颜色分别由一个基因控制,且独立遗传。用gf位点特异引物经PCR和RT-PCR扩增和测序,获得了‘Black Cherry’和‘紫色圣女果’的基因组DNA序列以及8个棕果番茄的c DNA序列,与红果材料中对应的GF位点序列相比,‘Black Cherry’、‘黑番茄(9T)-h’、‘黑番茄–2012’和‘紫果(圆)’的编码区出现了一个T与C替换,‘紫果(椭圆)’编码区缺失了两个核苷酸AT,而‘紫色圣女果’、‘紫玉(F1)-h-h’和‘Chocolate Cherry’则在编码区插入了一个A,这些突变分别属于gf 4、gf 3和gf 2类型,都形成新的终止密码子。根据序列差异建立了可用于鉴定gf 3和gf 4的d CAPS(Derived Cleaved Amplified Polymorphic Sequence)标记,为棕果番茄的标记辅助选择提供工具。