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毛果杨全基因组硝酸根转运蛋白家族(NRT2s)序列分析
  • ISSN号:1001-7461
  • 期刊名称:《西北林学院学报》
  • 时间:0
  • 分类:S792.11[农业科学—林木遗传育种;农业科学—林学]
  • 作者机构:[1]西北农林科技大学生命科学学院,陕西杨陵712100, [2]西北农林科技大学植物保护学院,陕西杨陵712100, [3]西北农林科技大学林学院,陕西杨陵712100
  • 相关基金:国家重点基础研究发展计划项目(2012CB416902); 教育部新世纪优秀人才支持计划项目(NCET-08-0468); 教育部高等学校博士学科点专项科研基金课题(20090204110027); 霍英东教育基金会课题(121026)
中文摘要:

以拟南芥(Arabidopsis thaliana)和莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardttii)高亲和性硝酸根转运蛋白(NRT2s)为对照,对毛果杨(Populus trichocarpa)NRT2s家族成员进行序列比对、系统发育分析、基因结构分析、理化性质预测、疏水性与跨膜区预测、结构域检测等生物信息学分析。结果表明:毛果杨基因组包含6个NRT2s家族成员并可分为3个亚家族。其中PtNRT2.1、PtNRT2.2和PtNRT2.3属于亚家族I;PtNRT2.4和PtNRT2.5属于亚家族II;PtNRT2.6属于亚家族III。亚家族I保守程度最高,亚家族II和III可能由亚家族I进化而来。所有的NRT2s都具有高度相似的结构域、功能区和基因结构,在不同物种中的进化较为保守。不同的NRT2s成员定位于不同的亚细胞结构中,其具体功能可能存在差异,并共同参与调控杨树的硝态氮平衡。

英文摘要:

Based on gene sequences of putative high affinity nitrate transporters (NRT2s) in Populus tricho- carpa, gene structures, physicochemical parameters, hydrophobicity, subcellular localization, transmern- brahe regions and conserved domains were predicted with bioin{ormatics methods using NRT2s in Arabi- dopsis thaliana (AtNRT2s) and Chlamydornonas reinhardttii (CreNRT2s) as comparison. In P. tricho- carpa there were 6 NRT2s family members named as PtNRT2. 1, PtNRT2.2, PtNRT2. S, PtNRT2.4, PtNRT2.5 and PtNRT2.6, which could be divided into 3 subfamilies according to their highly conserved sequences and functional domains. PtNRT2.1, PtNRT2.2, and PtNRT2.3 could be in subfamily Ⅰ, while PtNRT2.4, PtNRT2.5 in subfamily Ⅱ and PtNRT2.6 in subfamily Ⅲ. Although PtNRT2s had similar a- mino acid sequences, they showed variations in subcellular localization. These data indicated that PtNRT2s probably play different roles in nitrate balance in P. trichocarpa.

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期刊信息
  • 《西北林学院学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中华人民共和国教育部
  • 主办单位:西北农林科技大学
  • 主编:刘建军
  • 地址:陕西杨陵邰城路3号
  • 邮编:712100
  • 邮箱:xlxb@vip.163.com
  • 电话:029-87082059
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-7461
  • 国内统一刊号:ISSN:61-1202/S
  • 邮发代号:52-99
  • 获奖情况:
  • 2009 全国高校科技期刊优秀编辑质量奖,2008 第二届中国高校特色科技期刊,2006 中国农学会 中国期刊协会期刊分会 金犁奖...,2002 中国农学会全国优秀农业期刊一等奖,1999 教育部 全国优秀高校自然科学学报及教育部...,陕西省优秀科技期刊一等奖,陕西高校优秀学报一等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:24548