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基于全基因组序列的黄瓜绿斑驳花叶病毒重组和系统发育分析
  • ISSN号:0412-0914
  • 期刊名称:《植物病理学报》
  • 时间:0
  • 分类:S432.44[农业科学—植物病理学;农业科学—农业昆虫与害虫防治;农业科学—植物保护]
  • 作者机构:[1]山东农业大学植物保护学院植物病理学系,泰安271018, [2]山东省农科院,济南250000
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(31571984); 教育部博士学科点基金资助项目(20123702110013)
中文摘要:

通过RT-PCR扩增了黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)济南分离物(CGMMV-JN)的基因组片段。序列测定结果表明CGMMV-JN基因组全长6 424核苷酸(nt),5'-和3'-UTR分别为60和176 nt,含有4个ORF,分别编码129 kDa和186 kDa复制酶相关蛋白、29 kDa移动蛋白及17.4 kDa外壳蛋白。CGMMV-JN与另外29个CGMMV分离物全基因组核苷酸序列一致率为90.0%-99.7%。重组分析发现韩国KOM(AF417243)、以色列EC(KF155231)、印度(DQ767631)和我国河北的CHB(KJ658958)4个分离物在RdRp编码区存在重组。系统发育分析结果表明,这些分离物可分成3个组。选择压力分析结果表明cp基因处于正选择,其它基因处于负选择。本文研究的结果为黄瓜绿斑驳花叶病毒的监测及防控提供了理论依据。

英文摘要:

The complete genome of a Cucumber green mottle mosaic virus isolate collected from watermelon in Ji'nan(CGMMV-JN) was amplified by RT-PCR.Sequencing analysis revealed that the full-length genome of CGMMV-JN is 6 424 nucleotides(nt) in length,of which the 5'-untranslated region(UTR) and 3'-UTR were60 and 176 nt,respectively.The complete genome of CGMMV-JN contained four open reading frames(ORFs),which encode 129 kDa and 186 kDa RNA-dependent RNA polymerase(RdRp),29 kDa movement protein,17.4kDa coat protein(CP),respectively.CGMMV-JN shared nucleotide identities of 90.0%-99.7%with other CGMMV isolates at the complete genome levels.Recombination analysis indicated that four isolates from Korea,Israel,India and China,respectively,presented recombination in ORF encoding RdRp.Phylogenetic tree analysis with complete genomic sequences demonstrated that the CGMMV isolates were clustered into three groups correlated with their geographical origin.Selection pressure analysis suggested that only CP ORF was under positive selection.Our study provided theoretical basis for the monitor and control of CGMMV.

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期刊信息
  • 《植物病理学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科技技术协会
  • 主办单位:中国植物病理学会
  • 主编:郭泽建
  • 地址:中国农业大学植保楼406室
  • 邮编:100094
  • 邮箱:journal@cspp.org.cn
  • 电话:010-62732364
  • 国际标准刊号:ISSN:0412-0914
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2184/S
  • 邮发代号:82-214
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:15551