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基于CHARMM力场的蛋白质分子场计算及触觉感知
  • ISSN号:1003-9775
  • 期刊名称:《计算机辅助设计与图形学学报》
  • 时间:0
  • 分类:TP391[自动化与计算机技术—计算机应用技术;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]浙江大学CAD&CG国家重点实验室,杭州310027
  • 相关基金:国家自然科学基金重点项目(60533050).致谢感谢中国科学院软件研究所人机交互技术与智能信息处理实验室的张凤军副研究员、张弛同学、戴国忠研究员在PHANTOMOmni力觉交互设备上进行实验测试所提供的支持帮助!
中文摘要:

分子场是研究分子结构与功能的重要工具之一,已经成为药物设计和分子对接的常规方法.由于触觉设备能提供丰富的感官信息,近年来触觉交互正逐渐成为该领域的研究热点.文中研究了蛋白质分子场的触觉感知.首先从蛋白质分子结构出发,基于CHARMM力场,经过分子动力学模拟采样计算得到蛋白质分子场;然后结合触觉设备建立触觉感知模型,通过视觉与触觉相结合的方式分析分子场能量分布以丰富分子场的感知信息;最后绘制触觉场景并给用户提供相关的视觉和触觉反馈.实验结果表明,文中提出的分子场计算方法鲁棒,且触觉系统能保持较好的稳定性.

英文摘要:

Molecular interaction field (MIF) is an important tool for studying the intrinsic relationship between molecular structure and function. It has been established as a conventional method in rational drug design and molecular docking. MIF can be experienced by user through a haptic device. In this paper, the haptic application of protein interaction fields is investigated. The MIF is constructed based on the macromolecular structure of a protein by computing the molecular dynamics with the CHARMM force field. Then a haptic perceptual model is developed with which the MIF energy distribution is analyzed both visually and haptically to afford much richer sensational information. Finally, the haptic scene is rendered and the resultant force is delivered to the user. Experimental statistics show that the proposed MIF computation method is robust with stable haptic feedback.

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期刊信息
  • 《计算机辅助设计与图形学学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国计算机学会
  • 主编:鲍虎军
  • 地址:北京2704信箱
  • 邮编:100190
  • 邮箱:jcad@ict.ac.cn
  • 电话:010-62562491
  • 国际标准刊号:ISSN:1003-9775
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2925/TP
  • 邮发代号:82-456
  • 获奖情况:
  • 第三届国家期刊奖提名奖
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,荷兰文摘与引文数据库,美国工程索引,英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:24752