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微流控芯片下的单细胞轮廓定位与提取
  • ISSN号:1001-6600
  • 期刊名称:《广西师范大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:TP39[自动化与计算机技术—计算机应用技术;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]广西师范大学电子工程学院,广西桂林541004, [2]广西师范大学化学与药学学院,广西桂林541004
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(21327007);广西自动检测技术与仪器重点实验室基金项目(YQ1402);广西高等学校科研资助项目;广西师范大学博士启动基金资助项目
中文摘要:

微流控芯片可实现单细胞分析,而对单个细胞分析,能够掌握更准确更全面的细胞信息,可以克服以往群体分析中平均结果对个别信息掩盖的局限性,对疾病的早期预防和诊断具有重要的科学意义。本文根据早期癌症细胞通过微流控芯片中的弯道时变形与正常细胞不同的理论,采用Grabcut和Snake相融合的单细胞图像分割算法来精确定位和提取单细胞轮廓,实现单细胞的形变分析。首先,本文在图像分割之前引入Perona-Malik模型,增强图像边缘的同时减弱噪声,使定位更加准确。其次,利用Canny和Snake模型获得Grabcut初始化矩形框。最后,通过Grabcut算法实时精确地提取单细胞轮廓。实验结果表明:本文算法结合了Snake算法和Grabcut算法的优点,在无人工交互的条件下,细胞轮廓平均正确分割率达到93.7%,能够满足医学单细胞分析的要求。

英文摘要:

The single-cell analysis, achieved on the microfluidic chip, is able to grasp more accurate and comprehensive cells information, has important scientific significance for the prevention and early disease diagnosis. Based on the theories that the deformability of the early cancer cells are different from normal cells when they go around a curve in the mierofluidie chip. So a new cell segmentation algorithm, which fuses classical grabcut algorithm with snake algorithm, is proposed to accurately extract a single cell outline, and achieve the deformation analysis of a single cell. Firstly, the morphological operators are used to eliminate small bright spot noise. Secondly, canny and snake algorithm are utilized to get the position of one cell, which can be regarded as the initialization of the grabcut algorithm. Finally, accurate cell contour are extracted by grabeut algorithm. Experimental results show that the proposed algorithm combines the advantages of snake algorithm and grahcut algorithm. In the absence of human interaction, the average correct segmentation rate is up to 93.7%, can meet the medical requirements of single cell analysis.

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期刊信息
  • 《广西师范大学学报:自然科学版》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:广西师范大学
  • 主办单位:广西师范大学
  • 主编:苏桂发
  • 地址:桂林市三里店育才路15号
  • 邮编:541004
  • 邮箱:gxsdzkb@mailbox.gxnu.edu.cn
  • 电话:0773-5848958
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-6600
  • 国内统一刊号:ISSN:45-1067/N
  • 邮发代号:48-54
  • 获奖情况:
  • 1994年,获广西优秀期刊三等奖,1995年,获广西高校理科学报B类一等奖,1996年,获广西第三届优秀报刊二等奖,1999年,获广西首届高校优秀学报二等奖,2001年,被评为第四届广西优秀科技期刊,2002年,获第二届广西高校优秀学报二等奖,2002年,入选中国期刊方阵“双效”期刊,2004年,获全国高校优秀科技期刊一等奖,2005年,获第五届“广西十佳自然科学期刊”称号,2007年,获第六届“广西十佳自然科学期刊”称号,2008年,被评为全国高校科技期刊先进集体
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,德国数学文摘,美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:5888