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基于DNA条形码的玉叶金花属植物鉴定研究
  • ISSN号:0253-2670
  • 期刊名称:《中草药》
  • 时间:0
  • 分类:R282.5[医药卫生—中药学;医药卫生—中医学]
  • 作者机构:[1]华南农业大学生命科学学院,广东广州510642, [2]福建农林大学益虫研究所,福建福州350002, [3]国家林业局管理干部学院,北京102600, [4]中国科学院华南植物园中国科学院植物资源保护与可持续利用重点实验室,广东广州510650
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(31300174); 教育部博士点基金项目(20124404120014)
中文摘要:

目的利用DNA条形码进行玉叶金花属植物的分子鉴定。方法对玉叶金花属20种、89份个体进行叶绿体片段rbc L、mat K和trn H-psb A以及核基因片段ITS的PCR扩增和测序,计算种内和种间Kimura 2-parameter(K2-P)遗传距离,利用序列相似性法和邻接法进行单一片段、核心片段、组合片段以及ITS2片段的分析。结果单一片段分析结果表明玉叶金花属种间遗传距离(0.002~0.012)明显大于种内遗传距离(0.000 3~0.000 7)。trn H-psb A扩增率最低,ITS2片段的分辨率最高,其次是mat K和ITS片段,rbc L片段的分辨率最低。片段组合后的分辨率明显提高,基于序列相似性法和邻接法,mat K+rbc L+ITS和mat K+rbc L+trn H-psb A+ITS的分辨率相当,且比其他片段组的分辨率更高,分别为77%和75%,成功鉴定了15个近缘类群,包括2个药用种类广西玉叶金花和黐花。结论鉴于trn H-psb A扩增率较低,建议mat K+rbc L+ITS作为玉叶金花属物种鉴定的DNA条形码,并作为其药用种类的分子鉴定工具。

英文摘要:

Objective This study aims at developing fast and accurate species identification methods for the plants of Mussaenda L.Methods In the present study,DNA barcoding analysis was carried out on 89 individuals representing 20 species of Mussaenda in order to evaluate the performance of the four candidate barcoding loci(mat K,rbc L,trn H-psb A,and ITS) and ITS2 region.Based on sequence similarity and Neighbor-joining(NJ) tree reconstruction,we detected inter-and intra-specific genetic distances using Kimura 2-parameter(K2P).Results Inter-specific genetic distance of species in Mussaenda was significantly higher than intra-specific genetic distance.The region of ITS2 showed the highest discrimination power among the independent sequences.Comparably high species discrimination power was also revealed by the mat K and ITS data set.The candidate barcode of rbc L displayed the lowest identification rate among the others.However,each individual candidate barcode demonstrated significantly lower discrimination power than the barcode of combined data set.Comparable discrimination power was revealed between the two barcodes of combined sequences mat K + rbc L + ITS and mat K + rbc L + trn H-psb A + ITS,which showed the values around 77% and 75% based on sequence similarity and NJ tree method.Totally 15 species were identified based on NJ analysis of mat K + rbc L + ITS.Conclusion Consequently,the combined sequence of mat K + rbc L + ITS provides an effective and fast tool for the identification and authentication of medicinal plant species in the genus Mussaenda L.

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期刊信息
  • 《中草药》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:天津市科委
  • 主办单位:中国药学会 天津药物研究院
  • 主编:汤立达
  • 地址:天津市南开区鞍山西道308号
  • 邮编:300193
  • 邮箱:zcy@tiprpress.com
  • 电话:022-27474913 23006821
  • 国际标准刊号:ISSN:0253-2670
  • 国内统一刊号:ISSN:12-1108/R
  • 邮发代号:6-77
  • 获奖情况:
  • 国家期刊奖,国家“双奖”期刊,1992年获国家科委、中共中央宣传部、国家新闻出版...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国国际药学文摘,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,荷兰医学文摘,美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:90909