水资源分配问题严重制约了国民经济的可持续发展。如何定量分析各区域水资源补偿、建立合理的生态补偿标准模型,已成为水资源补偿领域的热点问题。采用水足迹理论和方法,评价了流域沿岸各区域水生态盈亏情况,为流域生态补偿提供了数据基础并对不同盈亏状况下的生态补偿建立了模型,为决策者解决流域各区域间水资源补偿问题提供了科学的决策依据。以河源市直饮水为案例,理清了各区域生态系统状态及相互关系,计算了补偿标准,验证了模型的可行性。