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基于位图索引和B+树的BLAST改进算法
  • ISSN号:1002-8331
  • 期刊名称:计算机工程与应用
  • 时间:0
  • 页码:-
  • 分类:TP391[自动化与计算机技术—计算机应用技术;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]中山大学数学与计算科学学院,广州510275, [2]北京师范大学珠海分校信息技术学院,广东珠海519085
  • 相关基金:国家自然科学基金(No.11126039).
  • 相关项目:基于流形学习和辛几何的安全云挖掘中若干数学问题的研究
作者: 吕威|
中文摘要:

针对BLAST算法在查找命中的过程中需要遍历数据库造成计算资源消耗的问题,提出了基于位图索引和B+树的数据存储方式以加快数据的检索。改进算法利用位图索引的原理建立数据库的单词.位向量表,并对这个表使用B+树再次进行索引,最终达到加快BLAST程序的运算速度。对于DNA序列这个方法能够使BLAST查找命中耗费的时间得到极大的减少。

英文摘要:

It concentrates on the time consuming procedure that goes through the database in the first step of BLAST. In order to speed up the program, it introduces a new approach which using bit map index and B+ tree. The developed method builds up a word-bit_vector table according to the database, and reorganizes it with B+ tree. It proves theoretically that it decreases the word searching time of BLAST substantially.

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期刊信息
  • 《计算机工程与应用》
  • 北大核心期刊(2014版)
  • 主管单位:中国电子科技集团公司
  • 主办单位:华北计算技术研究所
  • 主编:怀进鹏
  • 地址:北京市海淀区北四环中路211号北京619信箱26分箱
  • 邮编:100083
  • 邮箱:ceaj@vip.163.com
  • 电话:
  • 国际标准刊号:ISSN:1002-8331
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2127/TP
  • 邮发代号:82-605
  • 获奖情况:
  • 1. 2012年首批获得中国学术文献评价中心发布的 “...,2. 2001年获得新闻出版署“中国期刊方阵双效期刊”,3. 2008年首批入选国家科技部“中国精品科技期刊...,4.2003年-2011年连续获得工业和信息化部期刊最高...
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:97887