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鸟嘌呤四链体中K^+移动路径的预测
  • ISSN号:0567-7351
  • 期刊名称:《化学学报》
  • 时间:0
  • 分类:O614.121[理学—无机化学;理学—化学]
  • 作者机构:[1]辽宁师范大学化学化工学院,大连116029
  • 相关基金:国家自然科学基金(No.20633050); 辽宁省教育厅基金(Nos.2008S133 2009T057和LNETRC0503)资助项目感谢Jay William Ponder教授提供Tinker程序.
中文摘要:

结合鸟嘌呤四链体(G4)的结构特点,取G4中的一个K^+与一片g-tetrad(g-tetrad-K^+)为研究对象,和一个K^+与两片g-tetrad(1,2-g-tetrads-K^+和2,3-g-tetrads-K^+)为研究对象.为g-tetrad-K^+,1,2-g-tetrads-K^+和2,3-g-tetrads-K^+三体系中的K+设计了几种移动路径,来探讨G4中K^+与g-tetrad的作用.首先分别应用从头计算MP2/6-31G(d,p)和ABEEMσπ/MM(σπ水平的原子键电负性均衡原理融入到分子力学)方法,对g-tetrad-K^+中K^+移动过程中体系的结构和能量变化进行了详细研究.结果表明ABEEMσπ/MM方法能够准确地描述g-tetrad-K^+体系的结构、结合能等性质.为了更接近实际体系,进而用ABEEMσπ/MM方法预测了更大的体系:一个K^+和两片g-tetrad.由于体系较大,MP2方法无法计算其结合能.ABEEMσπ/MM方法对g-tetrad-K^+,1,2-g-tetrads-K^+和2,3-g-tetrads-K^+体系中K+移动而产生的结合能变化表明:如果吸收足够的能量,G4中K^+最容易沿α方向移出.

英文摘要:

Considering the configuration characteristic,this paper takes K^+ and one g-tetrad (g-tetrad-K^+) as studied object,together with K^+ and two g-tetrads (1,2-g-tetrads-K^+ and 2,3-g-tetrads-K^+) in guanine-quadruplex structure (G4) as studied object.We have designed several moving routes for K^+ in g-tetrad-K^+,1,2-g-tetrads-K^+ and 2,3-g-tetrads-K^+ three systems to explore the interaction between g-tetrad and K^+.First,ab initio [MP2/6-31G(d,p)] and ABEEMσπ/MM (Atom Bond Electronegativity Equalization Method at σπ level fused into Molecular Mechanics) methods have been used to investigate the changes of structure and energy,when K^+ moves in g-tetrad-K^+.The results indicate that ABEEMσπ/MM can accurately describe the properties of the g-tetrad-K^+ system structure and energy.To approaching the practical system,ABEEMσπ/MM has been used to explore the bigger system K^+ and two g-tetrads,which is too big to calculate the interaction energy using MP2.The changes of the interaction energy from ABEEMσπ/MM,when K^+ moves in g-tetrad-K^+,1,2-g-tetrads-K^+ and 2,3-g-tetrads-K^+ systems indicate that if absorb enough energy,it is easiest for the K^+ in G4 moves out of the cavity along the α direction.

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期刊信息
  • 《化学学报》
  • 北大核心期刊(2014版)
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国化学会 中国科学院上海有机化学研究所
  • 主编:周其林
  • 地址:上海市零陵路345号
  • 邮编:200032
  • 邮箱:hxxb@sioc.ac.cn
  • 电话:021-54925085
  • 国际标准刊号:ISSN:0567-7351
  • 国内统一刊号:ISSN:31-1320/O6
  • 邮发代号:4-209
  • 获奖情况:
  • 首届国家期刊奖,第二届国家期刊奖提名奖,中国期刊方阵“双高期刊”
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国科学引文索引(扩展库),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:28694