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杜长大猪、二花脸猪和莱芜猪3个群体25种血液性状的全基因组关联分析
  • ISSN号:0578-1752
  • 期刊名称:《中国农业科学》
  • 时间:0
  • 分类:Q754[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]江西农业大学动物生物技术重点开放实验室,南昌330045
  • 相关基金:国家自然科学基金(31200926)
中文摘要:

不同于人、鼠等物种ELOVL7基因的高相似度,不同品种的猪ELOVL7基因相似度较低。为了探究该基因的特性,本研究运用生物信息学的方法对苏太猪ELOVL7基因及其氨基酸序列的同源性、理化性质、保守结构域、亚细胞定位、信号肽、跨膜结构域、亲水性/疏水性、二级结构、功能预测以及磷酸化位点等进行预测分析。结果表明:在苏太猪中,ELOVL7全长2 324 bp,编码区为846 bp,共编码281个氨基酸。其结构稳定,分子量为33 387.4 Da,带正电荷,偏碱性。该基因所编码的蛋白质最可能位于细胞膜上,主要的功能是运输和结合,为跨膜、非分泌型疏水蛋白质,含有1个GNS1/SUR4家族的保守结构域,并有15个丝氨酸激酶、15个苏氨酸激酶和20个酪氨酸激酶潜在磷酸化位点。α螺旋是ELOVL7二级结构和三级结构中最主要的结构元件。另外ELOVL7与大部分物种的氨基酸序列相似性达90%以上,且亲缘关系较近。分析ELOVL7基因及其氨基酸序列的特征,能够为进一步挖掘该基因内的突变对长链脂肪酸表型的影响以及合成、代谢机理提供分子依据。

英文摘要:

Differ to the high similarity between human and mice,the similarity of gene ELOVL7 among pig breeds is low. To uncover this specific character,we analyzed some character of the ELOVL7 gene and its encoding amino acid in Sutai pigs by bioinformatics method,including homology,physical and chemical properties,conserved domains,subcellular localization,signal peptide,transmembrane domain,hydrophilic / hydrophobic,secondary structure,function and kinase-specific phosphorylation site. The results showed that the length of ELOVL7 is 2 324 bp and its 846 bp coding region encodes a protein with 281 amino acids. The structure of ELOVL7 is stable,with33 387. 4 Da molecular weight, positive charge and basicity. The encoded protein of ELOVL7 gene is a transmembrane,nonsecretory and hydrophobic protein,which most probably is located in cell membrane,containes a conserved domain belonging to GNS1 / SUR4 family and has 15 serine,15 threonine and 20 tyrosine underlying phosphorylated sites. Moreover the similarity of amino acid sequence is over 90% with high homology and its function is mainly involved with transport and binding. The corresponding secondary structure and tertiary structure are primarily composed of α-helix. Analyzing some characters of the ELOVL7 gene and its amino acid would benefit the study of impaction of potential mutation of ELOVL7 to the syntetic of arachidic acid,and provide insights into the molecular basis of fatty acid metabolism.

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期刊信息
  • 《中国农业科学》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国农业部
  • 主办单位:中国农业科学院 中国农学会
  • 主编:万建民
  • 地址:北京中关村南大街12号中国农业科学院图书馆楼4101-4103室
  • 邮编:100081
  • 邮箱:zgnykx@caas.cn
  • 电话:010-82109808 82106279
  • 国际标准刊号:ISSN:0578-1752
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1328/S
  • 邮发代号:2-138
  • 获奖情况:
  • 中国期刊方阵“双高”期刊,第三届中国出版政府奖提名奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国食品科技文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:85620