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中国汉族人群BSG基因SNPs发掘与连锁不平衡分析
  • ISSN号:1672-7347
  • 期刊名称:中南大学学报(医学版)
  • 时间:2013
  • 页码:1208-1216
  • 分类:R394[医药卫生—医学遗传学;医药卫生—基础医学]
  • 作者机构:[1]中南大学药学院药理学系,长沙410078, [2]中南大学临床药理研究所,长沙410078
  • 相关基金:国家自然科学基金(81170091);湖南省自然科学基金(13JJ1010);湖南省科技项目(2020FJ3085);中南大学研究基金(2011JQ016).
  • 相关项目:ADMA灭活代谢酶基因多态性与慢性心力衰竭遗传易感性的关系和对心衰预后的影响及机制研究
中文摘要:

目的:探讨健康中国汉族人群中basigin(BSG)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)发生情况。方法:随机收集48例健康、无亲缘关系的中国汉族人外周血液并提取基因组DNA,设计引物对所有个体BSG基因的启动子区、外显子区和外显子内含子交界区的序列进行PCR扩增和正反向测序,通过判读测序峰图,明确SNPs的发生情况及其频率;通过Hardy-Weinberg平衡分析、单倍型推测和连锁不平衡分析,确定BSG基因位点的单倍型标~SNPs(haplotype tag SNPs,htSNPs);中性理论检验查明该基因位点SNPs频率分布是否符合选择中性。结果:共发现19个SNPs,其中包括2个新发现的SNPs;所有SNPs位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡。该基因位点共推测出4种常见单倍型域,确定9个SNPs为htSNPs。中性理论检验结果提示健康中国汉族人群BSG基因的SNPs分布符合中性进化假说。结论:首次对中国健康汉族人群BSG基因的SNPs进行了发掘,确定了其9个单倍型标签SNPs,为在汉族人群中研究该基因的遗传多态性与疾病易感性或药物反应性个体差异奠定了基础。

英文摘要:

Objective: To identify BSG single nucleotide polymorphisms (SNPs) in Chinese Han population. Methods: Peripheral blood samples were collected from 48 unrelated healthy Chinese Han subjects. Sequences at the BSG locus, including the promoter region, all exons and exon-intron boundaries were amplified, sequenced and followed by Hardy-Weinberg equilibrium test and linkage disequilibrium (LD) analysis. Results: A total of 19 SNPs were identified, 2 of which two were novel. Genotype distributions of all SNPs were consistent with Hardy-Weinberg equilibrium. Four haplotype blocks were constructed throughout the gene locus, and 9 haplotype tag SNPs (htSNPs) were inferred. Distribution of SNPs was in accordance with the neutrality theory in Chinese Han population. Conclusion: For the first time, systematic identification of BSG SNPs in the Chinese Han population has been done, and 9 htSNPs are identified. Our study has provided basis for further genetic association studies for related diseases as well as pharmacogenetics study for drug response in Chinese Han population.

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期刊信息
  • 《中南大学学报:医学版》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中华人民共和国教育部
  • 主办单位:中南大学
  • 主编:李桂源
  • 地址:湖南省长沙市湘雅路110号 中南大学湘雅医学院75号信箱
  • 邮编:410078
  • 邮箱:xyxb2005@vip.163.com xyxb2005@126.com
  • 电话:0731-84805495 84805496
  • 国际标准刊号:ISSN:1672-7347
  • 国内统一刊号:ISSN:43-1427/R
  • 邮发代号:42-10
  • 获奖情况:
  • 省优秀科技期刊一等奖,全国优秀科技期刊三等奖,1992、1996年,中国生物医学核心期刊,中国期刊方阵双效期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:11694