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基于线粒体D-loop基因序列研究我国5种虾虎鱼类的系统进化关系
  • ISSN号:1004-2490
  • 期刊名称:《海洋渔业》
  • 时间:0
  • 分类:Q731[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1].南京师范大学生命科学学院,江苏省生物多样性与生物技术重点实验室,南京210023, [2]海南大学海洋学院,海口570228
  • 相关基金:国家星火计划项目(2011GA690368);江苏省农业科技自主创新资金项目[CX(11)1037];江苏省农业科技支撑计划项目(BE2011331);南京师范大学高层次人才科研启动基金项目(2011104XGQ0071)和江苏高校优势学科建设工程资助项目
中文摘要:

利用PCR技术扩增河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)、鸭绿沙塘鳢(Odontobutis yaluensis)、中华沙塘鳢(Odontobutis sinensis)、葛氏鲈塘鳢(Perccottus glenii)及尖头塘鳢(Eleotris oxycephala)的线粒体D—loop区并测序,获得河川沙塘鳢、鸭绿沙塘鳢、中华沙塘鳢、葛氏鲈塘鳢及尖头塘鳢线粒体D—loop区全序列分别为853bp、853bp、1028bp、852bp、848bp,结合GenBank中平头沙塘鳢(Odontobutis platycephala)、刺盖塘鳢(Eleotris acanthopoma)、黑体塘鳢(Eleotris melanosoma)、褐塘鳢(Eleotris fusca)、中华乌塘鳢(Bostrychus sinensis)、云斑尖塘鳢(Oxyeleotris marmorata)、溪鳢(Rhyacichthys aspro))等7种虾虎鱼类同源的D—loop区序列,分析了这12种虾虎鱼类的系统发育关系。所使用的同源序列长度为832—846bp,其中保守位点452个,变异位点405个,简约信息位点258个,单态位点145个,转换/颠换平均值为0.8。基于Kimura2-parameter模型的12种虾虎鱼类遗传距离范围为0.043~0.312,在Kimura2-parameter模型构建的邻接树和非加权配对法系统树中,河川沙塘鳢、鸭绿沙塘鳢、中华沙塘鳢、平头沙塘鳢聚为一大支,刺盖塘鳢、黑体塘鳢、褐塘鳢、尖头塘鳢、溪鳢、葛氏鲈塘鳢聚为另一支。

英文摘要:

To investigate the molecular phylogeny relationship of Gobioidei species fish, D-loop of five speciesfish (Odontobutis potamophila, Odontobutis yaluensis, Odontobutis sinensis, Perccottus glenii and Eleotris oxycephala) were cloned by PCR methods. PCR amplification products of complete D-loop gene fragments from five species fish were 853 bp , 853 bp , 1 028 bp , 852 bp and 848 bp , respectivelyl Together with homologous D-loop sequences of seven species (Odontobutis platycephala, Eleotris acanthopoma, Eleotris melanosoma, Eleotris fusca , Bostrychus sinensis , Oxyeleotris marmorata and Rhyacichthys aspro )from GenBank, D-loop sequences of twelve species fish were analyzed by MEGA 4.0 software. The results showed that mitochondrial DNA D-loop sequences were 832-846 bp , of which 452 sites were conserved, 405 sites were variable, 258 sites were parsimony informative, 145 sites were singleton sites and the average transitionsal/transversional was 0. 8. Kimura 2-parameter model-based pairwise genetic distances within twelve Gobioidei species were analyzed, and each putative species ranged from 0. 043 -0. 312. And based on phylogenetic trees (N J) and (UPGMA)analysis, the results showed that O. potamophila, 0. yaluensis , 0. sinensis and 0. platycephala belonged to the same branch, E. acanthopoma , E. melanosoma, E. fusca , E. oxycephala , R. aspro and P. glenii belonged to another branch.

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期刊信息
  • 《海洋渔业》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国水产学会 中国水产科学研究院 东海水产研究所
  • 主编:庄平
  • 地址:上海市军工路300号
  • 邮编:200090
  • 邮箱:haiyangyuye@126.com
  • 电话:021-65680116
  • 国际标准刊号:ISSN:1004-2490
  • 国内统一刊号:ISSN:31-1341/S
  • 邮发代号:4-630
  • 获奖情况:
  • 2006年被中国科协评选为"内容质量较好的期刊",2009年被中国科协列为"中国科协示范精品科技期刊",2011年荣获"上海市期刊偏校质量优秀奖",2012年评为"华东地区优秀期刊"
  • 国内外数据库收录:
  • 美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:5273