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量子行为粒子群算法在基因聚类中的应用
  • ISSN号:1002-8331
  • 期刊名称:《计算机工程与应用》
  • 时间:0
  • 分类:TP391[自动化与计算机技术—计算机应用技术;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]江南大学信息工程学院,江苏无锡214122
  • 相关基金:国家自然科学基金No.60474030
中文摘要:

在PSO算法的基础上提出的基于量子行为的QPSO算法,并将其应用到基因表达数据集上。QPSO基因聚类算法是将N条基因根据使TWCV(Total Within-Cluster Variation)函数值达到最小分到由用户指定的K个聚类中。根据K-means算法的优点,利用K-means聚类的结果重新初始化粒子群,结合QPSO和PSO的聚类算法提出了KQPSO和KPSO算法。通过在4个实验数据集上利用K-means、PSO、QPSO、KPSO、KQPSO5个聚类算法得出的结果比较显示QPSO算法在基因表达数据分析上具有良好的性能。

英文摘要:

It proposes quantum-behaved particle swarm optimization QPSO algorithm on the basis of the PSO algorithm and applies it to a data set on gene expression.The proposed clustering algorithm partitions the N patterns of the gene expression dataset into user-defined K categories to minimize the fitness function of total within-cluster variation.Based on the merits of K-means algorithm and using K-means clustering to seed the initial swarm,combing QPSO,PSO to cluster data,it proposes KQPSO,KPSO algorithm.The experiment results on four gene expression data sets using K-means,PSO,QPSO,KPSO,KQPSO five clustering algorithms show that the QPSO-based clustering algorithm has a good performance in gene expression data analysis.

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期刊信息
  • 《计算机工程与应用》
  • 北大核心期刊(2014版)
  • 主管单位:中国电子科技集团公司
  • 主办单位:华北计算技术研究所
  • 主编:怀进鹏
  • 地址:北京市海淀区北四环中路211号北京619信箱26分箱
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  • 邮箱:ceaj@vip.163.com
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  • 国际标准刊号:ISSN:1002-8331
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2127/TP
  • 邮发代号:82-605
  • 获奖情况:
  • 1. 2012年首批获得中国学术文献评价中心发布的 “...,2. 2001年获得新闻出版署“中国期刊方阵双效期刊”,3. 2008年首批入选国家科技部“中国精品科技期刊...,4.2003年-2011年连续获得工业和信息化部期刊最高...
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:97887