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甘蔗富含甘氨酸蛋白基因(Sc-GRP)的克隆及其表达分析
  • ISSN号:1674-7968
  • 期刊名称:《农业生物技术学报》
  • 时间:0
  • 分类:S852.65[农业科学—基础兽医学;农业科学—兽医学;农业科学—畜牧兽医]
  • 作者机构:[1]农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室,福建农林大学甘蔗综合研究所,福州350002, [2]福建农林大学生命科学学院,福州350002, [3]福建农林大学水稻遗传研究所,福州350002
  • 相关基金:国家自然科学基金(No.30700514); 农业部2010年引进国际先进农业科学技术“948”计划项目(No.2010-C21)共同资助
中文摘要:

本研究在对甘蔗(Saccharum officinarum)叶片全长cDNA文库测序的基础上,通过EST(expressed sequencetag)序列测定和生物信息学分析,获得了1个编码富含甘氨酸蛋白(glycine-richprotein,GRP)基因的全长cDNA序列,命名为Sc-GRP。生物信息学分析表明,该基因全长518bp,包含一个273bp的完整开放阅读框(open reading frame,ORF),5'端非编码区(untranslated region,UTR)长58bp,3'端UTR长187bp,且在3'端UTR中有典型的加尾信号AATAAA和polyA结构。该基因编码长度为90个氨基酸的蛋白,其理论分子量为10.12kD,等电点为5.86。Sc-GRP中甘氨酸含量最高,达到13%,且包含明显的GGX和GX重复结构单元。Sc-GRP没有信号肽和RNA结合位点。定量PCR分析结果表明,该基因在成熟叶片中的表达量远高于其在心叶中的表达量。在甘蔗茎中,随着节间成熟度的增加,其表达量逐渐升高,但在成熟根中几乎没有表达。在铝盐胁迫下,该基因在甘蔗初生根中的表达先是升高,然后随胁迫时间的增加而下降。研究结果提示该基因定位于细胞质,参与细胞的渗透调节,本研究结果为该基因的功能解析及其在甘蔗分子育种上的应用积累了基础资料。

英文摘要:

A full-length cDNA sequence of glycine-rich protein gene(GRP),Sc-GRP,was obtained from sugarcane(Saccharum officinarum L.) leaf full-length cDNA library based on EST(expressed sequence tag) sequencing and bioinformatics analysis.Bioinformatics analysis revealed that this gene was 518 bp long including a 273 bp complete open reading frame(ORF),a 58 bp 5' untranslated region(UTR),and a 187 bp 3' UTR.Typical AATAA motif and poly(A) tail at the 3' UTR were also found.This gene corresponded to a 90 amino acid residues protein.The theoretical molecular mass and the theoretical isoelectric point of Sc-GRP was 10.12 kD and 5.86 respectively.Besides,glycine residue was found as the most abundant amino acids in Sc-GRP and reached 13%.Sc-GRP contained GGGX,GGX and GX motifs.No signal sequence or RNA binding region were found in Sc-GRP.Real-time PCR analysis showed that the expression of Sc-GRP in sugarcane mature leaves was muchhigher than that in young leaves,and increased with the mature degree of internodes in cane.However,Sc-GRP was hardly expressed in mature roots.Under the challenge of Al^3+,the expression level of Sc-GRP gene went up firstly,and decreased subsequently in sugarcane primary roots.The result showed that the Sc-GRP gene is assumed to locate in cytoplasm and participate in the osmotic regulation of cell in sugarcane.This study aimed at understanding the functions of the Sc-GRP and providing basal information for its potential application in sugarcane molecular breeding.

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期刊信息
  • 《农业生物技术学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中华人民共和国教育部
  • 主办单位:中国农业大学
  • 主编:武维华
  • 地址:北京市海淀区圆明园西路2号中国农大生命科学楼1053
  • 邮编:100193
  • 邮箱:nsjxb@cau.edu.cn
  • 电话:010-62733684 62731615
  • 国际标准刊号:ISSN:1674-7968
  • 国内统一刊号:ISSN:11-3342/S
  • 邮发代号:2-367
  • 获奖情况:
  • 在《中国学术期刊评价研究报告》(2009-2010年)...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国乌利希期刊指南,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:15081