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大豆GmIDD及其同源基因的生物信息学分析及功能预测
  • ISSN号:1000-9841
  • 期刊名称:《大豆科学》
  • 时间:0
  • 分类:S565.1[农业科学—作物学]
  • 作者机构:东北农业大学大豆研究所/大豆生物学教育部重点实验室,黑龙江哈尔滨150030
  • 相关基金:黑龙江省普通本科高等学校青年创新人才培养计划(UNPYSCT-2015003);国家重点研发计划“七大农作物育种”重点专项(2016YFD0101005);转基因生物新品种培育科技重大专项(2016ZX08004-005);黑龙江省自然科学基金(C2015009);东北农业大学“学术骨干”(16XG03);东北农业大学2016年大学生SIPT计划(201610224141);“十二五”农村领域国家科技计划课题(2013AA102602).
中文摘要:

利用NCBI和Phytozome数据库进行GmIDD基因的同源基因检索,获取该基因在大豆不同染色体中5个拷贝的序列信息。通过对功能结构域的分析结果显示GmiDD基因5个拷贝均含有2个C2H2型(72—92aa、14~142aa)、2个C2HC型(149~169aa、176~195aa)锌指结构域。GmIDD基因cDNA序列全长为1227bp,编码408个氨基酸。系统进化树分析结果显示GmIDD基因5个拷贝中除了Glyma.14g10940和Glyma.17G228000外,其它IDD蛋白间进化距离较远,表明不同大豆IDD基因在功能上可能存在一定差异。长短日照处理下GmIDD表达量的分析结果显示GmIDD基因受短日照诱导表达,因此推测GmIDD可能参与大豆开花的调控过程。

英文摘要:

In this study, we used the NCBI and Phytozome databases to retrieve the GmlDD gene homologous gene, and ob- tained 5 copies of the gene in different chromosomes of soybean. We analyzed the functional domain of the 5 copies of the GmlDD gene. The results showed that the five copies of GmIDD gene contained two C2H2 type(72 -92 aa, 114 - 142 aa), two C2HC type( 149 - 169 aa, 176 - 195 aa) zinc finger domain. The full sequence of GmIDD transcription factor cDNA was 1 227 bp, encoding 408 amino acids. Phylogenetic tree analysis showed that the evolution of other IDD proteins was distant except Glyma. 14g10940 and Glyma. 17G228000 in the five copies of GmIDD, which indicated that there might he some differences in the function of different soybean IDD genes. The results of GmlDD expression by long and short daylight showed that GmlDD gene was induced by short daylight and we speculate that GmlDD may be involved in the regulation of soybean flowering.

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期刊信息
  • 《大豆科学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:黑龙江农业科学院
  • 主办单位:黑龙江省农业科学院编辑出版中心
  • 主编:刘忠堂
  • 地址:哈尔滨市南岗区学府路368号
  • 邮编:150086
  • 邮箱:dadoukx@sina.com
  • 电话:0451-86668735
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-9841
  • 国内统一刊号:ISSN:23-1227/S
  • 邮发代号:14-95
  • 获奖情况:
  • 1988年获黑龙江优秀期刊奖,1996年获黑龙江省科技情报二等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:12334