本文收集了我国39所"985工程"高校在WoS和CNKI数据库中从1996年—2011年共16年每年的校际合作发文数量,运用复杂网络与社会网络分析方法,从整体、个体和社区三个方面分别对国内和国际期刊校际科研合作网络的科研合作网络图、发文量和合著率、节点度、点介数、核心-边缘结构和社区结构进行了对比分析。研究表明,"985工程"高校在国内外期刊都建立了广泛的科研合作,在国内期刊的科研合作从08年开始下降,高校在国际期刊的科研合作持续增多且有比较高的合著率。清华大学、北京大学和浙江大学在国内和国际期刊的科研合作网络中处于核心位置,且很有影响力。高校在国内期刊的科研合作网络主要是以清华大学和北京大学为中心、以上海交通大学和南开大学为中心的两个社区,而国际期刊的科研合作网络主要是以北京大学、南京大学和浙江大学为中心的一个社区。