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Cav1.2钙离子通道三维结构的同源建模及其应用
  • ISSN号:1001-1978
  • 期刊名称:《中国药理学通报》
  • 时间:0
  • 分类:R322.11[医药卫生—人体解剖和组织胚胎学;医药卫生—基础医学] R329.25[医药卫生—人体解剖和组织胚胎学;医药卫生—基础医学]
  • 作者机构:[1]中国医科大学药学院药物毒理教研室,辽宁沈阳110122, [2]东北大学环境生物学教研室,辽宁沈阳110004
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(No 31471091)
中文摘要:

目的构建心肌Cav1.2钙离子通道三维结构模型,检验模型的准确性与可靠性。方法利用SWISS-MODEL同源建模服务器,对豚鼠心肌细胞Cav1.2通道α1亚基进行同源建模,建模结果提交至加州大学蛋白质结构在线检测服务器进行检测评估,并对结构模型进行打分。利用MOE软件分子对接程序模拟阻断剂或药物与Cav1.2通道模型的结合,进一步验证通道模型的准确性与可靠性。结果在SWISS-MODEL服务器上搜寻到的模板序列Cav1.1α1S与目标序列Cav1.2α1C均为L型钙通道,序列比对结果显示其同源性高达71.5%,选择自动模式(automated mode)进行同源建模。L型钙通道阻断剂维拉帕米、硝苯地平、地尔硫卓能结合到Cav1.2通道三维结构模型的特定区域,而钠通道特异性阻断剂河豚毒素并未与该模型相结合,中药有效成份白花前胡甲素和小檗碱与该模型也有一定的结合。结论成功构建了心肌Cav1.2钙离子通道三维结构模型,为后续研究提供了可靠样本,也为同源建模在研究离子通道三维结构预测中的应用奠定了基础。

英文摘要:

Aim To construct 3D structure model of cardiac Cav1. 2 channel and check its accuracy and reliability. Methods Homology model of Cav1. 2 channel α1 subunit was constructed using SWISS-MODEL server. The model was submitted to an online testing server built by University of California and scored by it. The binding of Cav1. 2 channel with blocker or drug was simulated by MOE software molecular docking program to check the model's accuracy and reliability. Results Both the target sequence Cav1. 2 α1C and the template sequence Cav1. 1 α1S searched by SWISSMODEL server belonged to L-type Ca~(2+)channel. Since the homology was 71. 5% revealed by sequence alignment,homology modeling was performed using automated mode. L-type Ca~(2+)channel blockers Verapamil,Nifedipine and Diltiazem could bind to the 3D structure model of Cav1. 2 channel,while sodium channel blocker TTX could not. Furthermore,active ingredient of traditional Chinese drug Praeruptorin A and Berberine could also bind to the 3D structure model of Cav1. 2channel. Conclusion The 3D structure model of Cav1. 2 channel was constructed successfully,which provides reliable materials for further studies and establishes the foundation for the application of homology modeling in the study of 3D structure prediction of ion channels.

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期刊信息
  • 《中国药理学通报》
  • 中国科技核心期刊
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  • 主办单位:中国药理学会
  • 主编:魏伟 李俊
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  • 邮箱:huanghs8@163.com
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  • 国际标准刊号:ISSN:1001-1978
  • 国内统一刊号:ISSN:34-1086/R
  • 邮发代号:26-52
  • 获奖情况:
  • 2003、2005年荣获国家期刊奖百种重点期刊奖,2006、2009、2010年被科技部中信所评为"百种中国...,2008年被中信所评为"中国精品科技期刊",2006-2008年获中国科协精品期刊工程项目资金资助,2009-2011年荣获中国科协精品期刊工程示范项目,2009、2011年获RCCSE中国"权威期刊"称号并名列药...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,荷兰医学文摘,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
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