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基于EMA-qPCR的茄科青枯菌活体检测技术的建立
  • ISSN号:0253-2654
  • 期刊名称:《微生物学通报》
  • 时间:0
  • 分类:S436.412.1[农业科学—农业昆虫与害虫防治;农业科学—植物保护]
  • 作者机构:[1]f重庆大学生命科学学院重庆市杀虫真菌生物农药工程技术中心重庆市基因功能与调控重点实验室,重庆400030
  • 相关基金:国家自然科学基金项H(No.30971875);国家公益性行业(农业)科研专项项(No.201003067);中央高校基本科研业务费资助项目(No.CDJXS112300)
中文摘要:

【目的】利用特异性核酸染料叠氮溴乙锭(Ethidium monoazide bromide, EMA)与实时荧光定量PCR技术相结合, 建立一种能有效区分青枯菌死活细胞的检测方法。【方法】样品DNA制备前经EMA渗透预处理, 再进行实时荧光定量PCR特异扩增菌体DNA。【结果】终浓度为2.0 mg/L的EMA能有效排除1.0×107 CFU/mL灭活青枯菌细胞DNA的扩增, 对活细胞和不可培养状态(Viable but non-culturable, VBNC)活菌的DNA扩增均没有影响。当每个定量PCR反应体系中的活细胞在5.0×100?5.0×104 CFU范围内时, 扩增Ct值与定量PCR反应体系中活细胞CFU对数值呈良好的负相关性(R2=0.992 5)。比较EMA-qPCR法和平板计数法对经过不同温度短期保存的青枯菌检测结果发现, 待检样品可在24 °C与4 °C冷藏条件下短期保存。【结论】本研究建立的EMA-qPCR方法能有效检测青枯菌VBNC细胞和有效区分死活菌, 避免或减少青枯菌PCR检测的假阳性和假阴性。

英文摘要:

[Objective] A novel method to differentiate viable/dead cells of Ralstonia solanacearum was established by using a DNA dye of ethidium monoazide bromide (EMA) in combination with the real-time polymerase chain reaction (EMA-qPCR). [Methods] Samples were pre-treated with EMA prior to DNA extraction. DNA from dead cells was bound by EMA, so that only DNA from viable R. solanacearum cells can be amplified by real-time PCR. [Results] A final concentration of 2.0 mg/L EMA was demonstrated to completely inhibit the PCR amplification from DNA derived from 1.0×107 CFU/mL dead cells, but no inhibition to viable and viable but non-culturable (VBNC) cells. A standard curve was generated relating the Ct values of the EMA-qPCR to the log number of genomic targets per PCR. A linear range of DNA amplification was observed from 5.0×100 to 5.0×104 genomic targets per PCR. EMA-qPCR method was used to evaluate the survival rate of R. solanacearum treated with different temperatures for a short time, compared with the method of plate count. The results indicate that samples can be stored for a short time under room temperature and 4 °C. [Conclusion] The EMA-qPCR method established in this work can effectively avoid false positive and false negative results of the R. solanacearum detection.

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期刊信息
  • 《微生物学通报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院微生物研究所 中国微生物学会
  • 主编:赫荣乔
  • 地址:北京市朝阳区北辰西路一号院3号中国科学院微生物研究所内B401室
  • 邮编:100101
  • 邮箱:xuj@sun.im.ac.cn
  • 电话:010-64807511
  • 国际标准刊号:ISSN:0253-2654
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1996/Q
  • 邮发代号:2-817
  • 获奖情况:
  • 1992年中国科学技术协会优秀学术期刊三等奖,1992年国家科委中共中央宣传部新闻出版署“全国优...,2000年中国科学院优秀期刊三等奖,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:29487