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基因I型草鱼呼肠孤病毒TaqMan Real-TimePCR检测方法的建立及应用
  • ISSN号:1000-0615
  • 期刊名称:《水产学报》
  • 分类:S941.41[农业科学—水产养殖;农业科学—水产科学]
  • 作者机构:[1]中国水产科学研究院珠江水产研究所 农业部渔药创制重点实验室 广东省水产动物免疫技术重点实验室,广东广州510380, [2]上海海洋大学水产与生命学院,上海201306
  • 相关基金:资助项目:国家科技支撑计划(2012BAD25802);国家自然科学基金(31202026);水科院基本科研业务费(2014A06XK09)
中文摘要:

为了建立和应用可检测基因I型草鱼呼肠孤病毒(GCRV)的荧光定量检测方法,实验根据基因I型GCRV的s6保守序列,分别设计扩增目的条带661bp普通引物(P1、P2)、扩增目的条带159bp荧光定量引物(F1、F2)和一条探针;同时构建含有目的片段的PVAX1-S6作为标准质粒,10倍梯度稀释构建质粒拷贝数与Ct值的标准曲线(Y=-3.389X+38.076)。结果表明,此方法在3.9×10^7~3.9×10^1拷贝/uL之间相关性较好,R2为0.992,最小检测量为4拷贝/uL;且与基因Ⅱ型、Ⅲ型GCRV以及其他病原核酸无交叉反应。运用该方法检测16份草鱼出血病疑似样品,阳性结果为4份;而普通PCR检测仅2份显示阳性。本研究建立了针对基因I型GCRV的荧光定量检测方法,具有高效、特异、灵敏、可重复性强的优点,适合于目前基因I型GCRV的临床快速检测和病毒定量分析。

英文摘要:

In order to establish TaqMan Real-Time PCR for detection of GCRV genotype I ,the primers were designed according to conservative region of S6 as follows:normal primers designed as P1 and P2 with predicted product size of 661 bp,real time primers designed as F1 and F2 with predicted product size of 159 bp, and a probe. Standard curve ( Y = - 3. 389X + 38. 076) was generated between the cycle threshold ( Ct ) and standard plasmid (PVAX1-S6) with 10-fold serial dilutions. The results showed that there was a good linear relationship between Ct value and template concentration with a detection range from 3.9 x 107 to 3.9 × 10^2 copies/uL, and the correlation coefficient reached 0. 992 while the detection limit of this method was 4 copies/uL for plasmid template. This assay had a specific detection of the GCRV genotype I , and had no detection signals to GCRV genotype II ,III and other pathogens. 16 suspected grass carp hemorrhage specimens were tested,and 2 more positive samples were detected using this established assay than normal RT-PCR. The developed TaqMan Real-Time PCR detection method for the GCRV genotype I with high efficiency, specificity, sensitivity and repeatability is available for clinical rapid detection and quantitative analysis of the GCRV genotype I.

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期刊信息
  • 《水产学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科协
  • 主办单位:中国水产学会
  • 主编:黄硕琳
  • 地址:上海市军工路334号上海水产大学
  • 邮编:201306
  • 邮箱:jfc@shou.edu.cn
  • 电话:021-61900228
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-0615
  • 国内统一刊号:ISSN:31-1283/S
  • 邮发代号:4-297
  • 获奖情况:
  • 曾先后三次获中国科协专项基金资助,获首届《CAJ-CD规范》执行优秀奖,获水产类期刊一等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:26128