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仔猪组织基因表达中实时定量PCR内参基因的选择
  • ISSN号:1674-7968
  • 期刊名称:《农业生物技术学报》
  • 时间:0
  • 分类:S[农业科学]
  • 作者机构:[1]河南农业大学牧医工程学院,郑州450002, [2]农业部动物生长发育调控重点开放实验室,郑州450002
  • 相关基金:国家自然科学基金(No.30671531)资助
中文摘要:

实时定量PCR研究中需要选择表达稳定性高的内参基因才能准确地校正目标基因的表达量。以仔猪不同组织为研究对象,应用实时荧光定量PCR技术,检测了beta-肌动蛋白(ACTB)、beta-2-微球蛋白(B2M)、3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)、羟甲基胆素合成酶(HMBS)、次黄嘌呤鸟嘌呤磷酸核糖转移酶1(HPRT1)、核糖体蛋白L4(RPL4)、琥珀酸脱氢酶(亚基A)(SDHA)、TATA盒结合蛋白1(TBP1)和酪氨酸3-单氧化酶/色氨酸5-单氧化酶激活蛋白zeta多肽(YWHAZ)共9个看家基因mRNA水平的表达情况。经geNorm程序统计学分析处理,结果表明,9个看家基因的表达稳定性为HMBS和HPRT1〉RPL4〉TBP1〉B2M〉YWHAZ〉SDHA〉GAPDH〉ACTB,确定了HMBS基因在仔猪不同组织中用于校正目标基因的表达量为最佳选择,而RPL4基因则可以作为高转录本的内参基因。

英文摘要:

Selection of the best stable reference genes is of crucial importance for the accurate normalization of expression in real-time quantitative PCR.Taking the piglet tissues as example,the expressions of nine housekeeping geens beta-actin (ACTB),beta-2-microglobulin (B2M),glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase(GAPDH),hydroxymethylbilane synthase(HMBS),hypoxanthine phosphoribosyltransferase 1(HPRT1),ribosomal protein L4 (RPL4),succinate dehydrogenase complex,subunit A (SDHA),TATA box binding protein1 (TBP1) and Tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein and zeta polypeptide (YWHAZ) were detected using real-time quantitative PCR.And their expression stability were observed by analysis of geNorm program.Results showed HPRT1 and HMBS〉 RPL4 〉TBP1〉 B2M〉 YWHAZ〉 SDHA〉 GAPDH〉 ACTB.As the best choice,HMBS can be used as normalizing expression of target gene in different piglet tissues,while RPL4 is good reference gene for high abundant transcripts.

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期刊信息
  • 《农业生物技术学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中华人民共和国教育部
  • 主办单位:中国农业大学
  • 主编:武维华
  • 地址:北京市海淀区圆明园西路2号中国农大生命科学楼1053
  • 邮编:100193
  • 邮箱:nsjxb@cau.edu.cn
  • 电话:010-62733684 62731615
  • 国际标准刊号:ISSN:1674-7968
  • 国内统一刊号:ISSN:11-3342/S
  • 邮发代号:2-367
  • 获奖情况:
  • 在《中国学术期刊评价研究报告》(2009-2010年)...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国乌利希期刊指南,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:15081