通过使用27对EST—SSR引物对100份野生茶树资源和22份栽培品种进行了遗传多样性和亲缘关系的分析。结果表明:27对引物共检测到多态性带88条,有效等位基因变异所占比重为69.01%。;基因型183个,基因型变幅在4~11之间,平均6.78个;Shannon指数在0.32—1.35之间,平均0.88;期望杂合度(0.52)与观测杂合度(0.52)一致;多态杂合率平均为0.48,接近0.50;Nei氏指数平均为0.51,高于0.50;多态信息量PIC值平均为0.52,高于0.50,说明云南野生茶树的遗传多样性丰富。122份材料聚类为14个组。亲缘关系树状图在分子水平上显示了我国云南野生茶树种质资源的亲缘关系,为今后种质资源的保存、开发和研究提供了一定的依据。