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一种基于关键路径法的DNA计算用寡核苷酸序列设计算法
  • ISSN号:1674-1056
  • 期刊名称:《中国物理B:英文版》
  • 时间:0
  • 分类:Q523.8[生物学—生物化学] O157.6[理学—数学;理学—基础数学]
  • 作者机构:[1]上海交通大学Bio—X中心DNA计算交叉团队、生命科学技术学院,上海200240, [2]中国科学院上海应用物理研究所,上海201800, [3]天津科技大学,天津300222
  • 相关基金:上海市科委项目(N0.03D214025,045207);国家自主科学基金项目(N0.10335070)
中文摘要:

在原有的生物大分子序列比对算法的基础上,结合图论中的关键路径法,提出了一种新的计算两寡核苷酸序列间最大配对程度的算法。采用此算法结合生成并测试的方法,能够寻找给定长度的一组适用于DNA计算的寡核苷酸序列。同时采用DNA芯片杂交方法验证了用该算法设计的一组序列的杂交特异性。

英文摘要:

Based on the original biological macro molecule alignment algorithm and combined with critical path method in graph theory, an algorithm to calculate the maximal matches between two oligonucleotides was proposed. By using this algorithm and generate- and - test method, a group of oligonucleotides of a given length for DNA computation can be searched. A group of sequences designed by this algorithm were tested by hybridization on DNA chips.

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期刊信息
  • 《中国物理B:英文版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国物理学会和中国科学院物理研究所
  • 主编:欧阳钟灿
  • 地址:北京 中关村 中国科学院物理研究所内
  • 邮编:100080
  • 邮箱:
  • 电话:010-82649026 82649519
  • 国际标准刊号:ISSN:1674-1056
  • 国内统一刊号:ISSN:11-5639/O4
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 被引量:406