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基于EST序列的茶代谢网络的构建
  • ISSN号:1002-1302
  • 期刊名称:《江苏农业科学》
  • 时间:0
  • 分类:Q811.4[生物学—生物工程]
  • 作者机构:[1]贵州大学计算机科学与技术学院,贵州贵阳550001, [2]贵州师范大学贵州省信息与计算科学重点实验室,贵州贵阳550001
  • 相关基金:国家自然科学基金(编号:31200626);贵州省科技厅联合基金(编号:黔科合LH[2015]7773).
中文摘要:

茶树体内的生化反应所生成的各种功能性化合物是茶叶具有营养和健康功能的物质基础,也是茶叶品质的决定因素。这些生化反应由茶树基因编码的酶催化并组成复杂的代谢网络。首先通过开源工具包jsoup开发异步数据采集程序,从布伦瑞克酶数据库(braunschweig enzyme database,简称BRENDA)和美国国立生物技术信息中心(NCBI)网站上获取酶序列及其催化反应、GI号、EC编码对应关系等相关信息,建立本地酶数据库;其次从NCBI上下载FASTA格式的茶树表达序列标签(expressed sequence tag,简称EST)序列数据,通过GI号查询本地酶数据库,得到酶催化反应信息,继而基于超图思想利用Cytoscape Web API重构茶代谢网络;最后对EST序列信息进行统计分析,并从多个维度对构造的代谢网络进行拓扑特性、KEGG路径、生物意义的深入分析,对茶树内生化反应的理解、新功能基因的挖掘、茶叶品质的提升、新茶产品的开发具有重要意义。

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期刊信息
  • 《江苏农业科学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:江苏省农业科学院
  • 主办单位:江苏省农业科学院
  • 主编:常有宏
  • 地址:南京孝陵卫钟灵街50号
  • 邮编:210014
  • 邮箱:jsnykx@vip.163.com
  • 电话:025-84390282
  • 国际标准刊号:ISSN:1002-1302
  • 国内统一刊号:ISSN:32-1214/S
  • 邮发代号:28-10
  • 获奖情况:
  • 第二届国家期刊奖百种重点期刊奖,全国优秀科技期刊奖,江苏省“双十佳”期刊奖,国家期刊奖提名奖,华东地区优秀期刊,优秀农业期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:38904