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猪传染性胃肠炎病毒SCY株3′端8．5kb片段的克隆及序列特征分析
  • ISSN号：0366-6964
  • 期刊名称：《畜牧兽医学报》
  • 时间：0
  • 分类：S852.659.6[农业科学—基础兽医学;农业科学—兽医学;农业科学—畜牧兽医]
  • 作者机构：[1]四川农业大学动物生物技术中心,雅安625014, [2]广东东莞市出入境检验检疫局,东莞523072, [3]四川农业大学动物科技学院,雅安625014
  • 相关基金：教育部长江学者和创新团队发展计划（IRT0555）
作者： 殷华平[1], 郭万柱[1], 宋振辉[1], 孙志勇[1], 徐志文[1], 王小玉[1], 陈进会[2], 杨丽[3]
关键词： 猪传染性胃肠炎病毒(TGEV), M基因, S基因, N基因, 克隆, 生物信息学, porcine transmissible gastroenteritis virus（TGEV） , M gene , S gene , N gene , cloning, bioinformation
中文摘要：

根据GenBank的核酸序列，设计6对引物自TGEV SCY株中分别扩增了长为1．5kb、2．0kb、1．1kb、1．4kb、1．4kb、1．3kb的6个片段，经克隆测序拼接后获得8495bp的TGEV部分序列。根据与其他TGEV和冠状病毒的序列和结构特征比较表明，该段序列克隆了除TGEV聚合酶基因以外的S、M、N、E、NSP3a、NSP3b、ORF7共7个基因的核酸序列；根据S、M、N基因的序列构建了系统进化树，分析表明TGEV-SCY株与TS、HN2002、TO14、pudue等毒株亲缘关系较近；密码子偏爱性分析结果认为TGEV在对密码子的使用上存在轻微的偏向性，个别氨基酸偏向于选择以A和T结尾的密码子。

英文摘要：

Six fragments about 1.5 kb,2.0 kb,1.1 kb,1.4 kb,1.4 kb,1.3 kb of transmissible gastroenteritis virus strain SCY were amplified by PCR , then were cloned into the pGM-T vector and sequences were determined in Takara . 8 495 bp sequence was obtained after assembling by CAP program. Bioinformatics analysis showed that the 8 495 bp sequence included S, M, N, E, NSP3a,NSP3b,ORF7 genes. Phylogenetic trees based on S,M,N genes showed that TGEV SCY strain was closed to the TS, HN2002 ,TO14 ,pudue strains. TGEV SCY didn＇t bias remarkably on any codons,but some of the amino acids biased slightly on the codons which ended by A or T.

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期刊信息
  • 《畜牧兽医学报》
  • 北大核心期刊（2011版）
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国畜牧兽医学会
  • 主编：文杰
  • 地址：北京海淀区圆明园西路2号中国农科院畜牧所
  • 邮编：100193
  • 邮箱：xmsyxb@263.net
  • 电话：010-62815987 62816996
  • 国际标准刊号：ISSN：0366-6964
  • 国内统一刊号：ISSN：11-1985/S
  • 邮发代号:82-453
  • 获奖情况:
  • 1992年北京优秀期刊奖,1998年、2000年在全国畜牧兽医优秀期刊评比中获一等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘（网络版）,英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊（2004版）,中国北大核心期刊（2008版）,中国北大核心期刊（2011版）,中国北大核心期刊（2014版）,瑞典开放获取期刊指南,中国北大核心期刊（2000版）
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