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羊草LVAP1基因的克隆及生物信息学分析
  • ISSN号:1672-0946
  • 期刊名称:《哈尔滨商业大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:Q78[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]哈尔滨师范大学,哈尔滨150080, [2]吉林大学,长春130023, [3]吉林省农业科学院,长春130033
  • 相关基金:吉林省省长基因项目(应用转基因等生物技术培育抗盐碱优质玉米种质 项目编号:20076016)
中文摘要:

克隆羊草VHA-c基因并预测其编码蛋白质结构和功能.由羊草总RNA经RACE克隆获得VHA-c基因cDNA,采用生物信息学方法预测蛋白结构和功能.获得羊草VHA-c基因cDNA,命名为LVAP1基因(GenBank登录号为GQ397276),LVAP1基因开放阅读框为498 bp,编码165个氨基酸,有4个α-螺旋跨膜结构域,在第4个结构域上含有一个高度保守的G lu142残基,推测它是质子的结合位点.进化树分析显示,羊草LVAP1蛋白与小麦、碱蓬和冰叶日中花等植物的VHA-c蛋白具有高度的同源性,推测LVAP1亚基与其他VHA-c亚基执行相似的功能.

英文摘要:

To clone the VHA-c gene in leymus chinensis and predict structure and function of its product protein.Amplify cDNA from the total RNA of leymus chinensis by RACE technology and predict protein structure and function by bioinformatics methods.Obtains the LVAP1 gene(GenBank accession number GQ397276) from leaves of leymus chinensis,the opening reading-frame(ORF) of this gene is 498 bp and encoding 165 amino acid.This protein is composed of four putative α helix transmembrane domains.The Glu142,a highly conserved residue in the fourth putative transmembrane domain,is possible binding sites of protons.Phylogenetic tree analysis of VHA-c shows LVAP1 of leymus chinensis is highly identified with VHA-c in triticum aestivum,suaeda salsa and mesembryanthemum crystallinum,could presume that they have the similar biological functions.

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期刊信息
  • 《哈尔滨商业大学学报:自然科学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:黑龙江省教育厅
  • 主办单位:哈尔滨商业大学
  • 主编:季宇彬
  • 地址:哈尔滨市道里区通达街138号
  • 邮编:150076
  • 邮箱:hsdxb@163.com
  • 电话:0451-84844417
  • 国际标准刊号:ISSN:1672-0946
  • 国内统一刊号:ISSN:23-1497/N
  • 邮发代号:
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  • 国内外数据库收录:
  • 被引量:7124