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基于局部回归的色谱保留时间对齐可逆算法
  • ISSN号:1672-7207
  • 期刊名称:《中南大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:TP391[自动化与计算机技术—计算机应用技术;自动化与计算机技术—计算机科学与技术] Q332[生物学—遗传学]
  • 作者机构:[1]国防科学技术大学机电工程与自动化学院,湖南长沙 410073, [2]北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室,北京 102206, [3]中南大学商学院,湖南长沙 410083
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(30621063)
中文摘要:

提出并实现一种基于局部回归的对齐算法,选择鉴定结果最多的一次实验作为参考,实现色谱保留时问的可逆对齐,将n次实验的对齐建模次数从n(n-1)/2次减少为”n-1次。该算法还实现不同实验间色谱保留时间的非线性对齐,并且能够克服少量从色谱柱中多次流出肽段的影响。研究结果表明:该方法计算时间复杂度远比现有算法的低,对齐精度也能够满足后续计算的需要。

英文摘要:

A nonlinear and reversible algorithm based on local regression was proposed and implemented, which could reduce the alignment model form n(n-1)/2 to n-1 for a n repeated experiment design. The nonlinear effect of retention time alignment could be modeled by this method, and the negative effect of the peptides with multiple chromatographic peaks could also be overcome. The results show that the time complexity of this algorithm was reduced and the accuracy of it can satisfy the requirement of the following date processing steps.

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期刊信息
  • 《中南大学学报:自然科学版》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:教育部
  • 主办单位:中南大学
  • 主编:黄伯云
  • 地址:湖南长沙中南大学校本部
  • 邮编:410083
  • 邮箱:zngdxb@csu.edu.cn
  • 电话:0731-88879765
  • 国际标准刊号:ISSN:1672-7207
  • 国内统一刊号:ISSN:43-1426/N
  • 邮发代号:42-19
  • 获奖情况:
  • 首届全国优秀科技期刊评比一等奖,第二届全国优秀科技期刊评比一等奖,首届中国有色金属工业优秀科技期刊评比一等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国工程索引,英国科学文摘数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:20874