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DNA序列基于k-字的数值刻画及其应用
  • 时间:0
  • 分类:Q523[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]渤海大学数理学院,辽宁锦州121013
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(11171042);辽宁省高等学校杰出青年学者成长计划(LJQ2011122).
中文摘要:

借助DNA序列中k-字的频数,将序列转化成一个340维向量,进而计算物种间的进化距离。作为应用:分别以15个物种的β球蛋白基因、13种汉坦病毒的S片段以及26个闭壳龟线粒体基因为例,构建系统发生树,所得结果与前人的结论一致,说明了该方法的有效性。

英文摘要:

By means of the frequencies of k-words, the DNA sequence is transformed into a 340-D vector, and then the evolutional distance is obtained. The proposed measure is used to construct phylogenetic trees on three separate sets : the full β-globin genes of 15 species, the S segments of 13 hantaviruses and 26 Cuora mitochodriona genes. The results are consistent with those of previous analyses, which illustrates the utility of the approach.

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