主体功能区理论可以借鉴到现代农业区域规划的实践中来。依据主体功能区理论,可以将区域农业分为优化开发区、重点开发区、限制开发的农业区、限制开发的生态区等4个主体功能类型。根据其各自不同的农业发展特征,优化发展布局,以推动现代农业的发展。以中原经济区为例,运用聚类分析法,将中原经济区现代农业发展分为郑州城市圈都市农业区、中原城市群外围高效农业区、黄淮海现代农业特区、南部生态养护型农业区、西部生态防护型农业区等5个规划类型,它们分属4个现代农业主体功能区。区域农业通过发挥各自资源优势,突出主体功能,层次推进,协同发展。